虽然晚期智人的化石已有大量发现。可是他们是如何起源的?至今仍有不同的理论或假设。原因是很少的地区有足够多的标本来证明有无形态上的连续性或继承关系。只是单个的标本或少量的标本不能说明问题，而必须考虑到个体的变异性，从现有的化石保存情况来说，最好的地区是中、东欧和西亚。因而问题的焦点集中在尼安德特人的命运上。
多年来围绕着尼安德特人的命运而提出的现代智人起源的理论主要有三种：①尼人阶段说；②前智人说；③前尼人说。
德国的施瓦布在1897年至1906年期间，发表了多篇论文，提出尼人头骨具有许多原始的似猿的性状，是从直立人发展到现代人的中间环节。尼人阶段是人类发展过程中的一个中间阶段。这是现代智人起源的尼人阶段说。
1912年英国的基思根据一些当时被认为年代比尼人为早而形态上却远比尼人为现代化的骨骼化石，提出尼人不是现代人的祖先，而是与现代人祖先平行发展的另一种类型。现代人是由尼人以前的智人演化而来的。这是现代人起源的前智人说。
其间，法国的布勒也得出同样的看法，于1911年～1914年之间发表多篇文章，宣称尼人是远古的、绝灭的种，不在人的进化系统之内。
这两种理论各有其拥护者，如美国的赫德利希卡在1927年、德国的魏敦瑞在1940年仍支持某种形式的基本上是单线的人类进化概念。
到20世纪50年代，前智人说的主要维护者是法国的瓦卢瓦，他是布勒的继承人。1954年他重提前智人说，重要的根据之一是1935年～1936年在英国发现的斯旺斯库姆头骨，它的年代较早，而形态却较近智人。
20世纪50年代以后，前尼人说逐渐兴起，到70年代成为欧洲尼人进化地位的最流行的理论。
前尼人说最早是英国的史密斯于1924年提出的，认为某些尼人化石，较少特化，年代较早。它们是现代智人和较特化的尼人的祖先。但这种论点没有引起人们的注意。直到50年代初期，经意大利塞奇于1953年和美国豪厄尔斯于1951年和1957年倡导后，才引起了人类学界的重视。1951年豪厄尔斯指出巴勒斯坦卡梅尔山的头骨(塔邦和斯虎尔)，连同斯坦海姆、埃林斯多夫、克拉皮纳、萨科帕斯托和切舍克塔施等化石，代表一种广泛分布的、时期较早的“进步”尼人或前尼人群体，它们是现代智人的祖先。1957年他更具体提出欧洲现代智人可能是由斯虎尔人演化来的。以后，勒·格罗斯·克拉克于1955年、布雷廷格于1957年、韦纳于1958年都同意主要以欧洲的斯旺斯库姆和斯坦海姆人化石为代表的前尼人可能是典型尼人和现代人的共同祖先。
从60年代初起，美国的布雷斯又恢复了尼人阶段说，重提了赫德利希卡于1911年提出的理论。认为咀嚼功能的改变是人类颅骨后期类型改变的主要因素。布雷斯认为，由于旧石器时代中期和晚期有了更特化的工具来代替以前用前部牙齿行使的功能，解除了颅面部骨骼由此而产生的应力，引起了形态上的一系列变化而演变成了现代人的颅型。沃尔波夫于1980年也强调，文化改变的作用在整个旧大陆同样地使已有地区分布的远古智人转变成现代智人。
另一些人认为典型尼人具有一系列特殊的形态性状，表明他们是人类进化系统上的一个旁枝，如豪厄尔斯于1975年、特林考斯和豪厄尔斯于1979年、斯特林格和特林考斯于1981年均持此种看法。
近来特别是一些年轻的人类学家，强调尼人与早期现代人之间的形态有着质的差别，主张后者是由欧洲以外的地区来的，如斯特林格于1974、1978、1984年，赫布林于1978、1984年，布劳尔于1980、1984年，赖特迈尔于1979、1984年都认为解剖结构上的现代人可能最早是在非洲起源的。
总的来说。现在古人类学家关于尼人，特别是对西欧的所谓典型尼人的系统位置，还没有一致的意见。一种意见是现代智人(指欧洲的白种人)是由当地的尼人逐渐演变来的。这种理论叫直接演化说或系统说。另一种理论是入侵说，也叫迁徙说或代替说。这种理论认为欧洲是典型尼人的家乡，而解剖上的现代人是在欧洲以外的地区演化出来，然后侵入欧洲的尼人区域，消灭了土著的尼从而形成的。
这两种理论都存在着一些问题。
从这类化石材料最丰富的地区之一的西亚来说，塔邦遗骸与尼人群相似，而斯虎尔个体则与解剖上的现代人更为相似，卡夫扎标本则完全是现代人的性状。这些人群标本的时期互相重叠，表明这是一个很复杂的过渡过程。由此推论欧洲以外的人群迁入欧洲，虽然他们之间可能有时发生冲突，但结果总是互相混杂，产生了现存于欧洲的人群，至少是部分的人群。尼人的某些特征，如高耸的鼻子，与今天的欧洲人相似，而与其他现生人种不同。
根据从考古发掘的地层中尼人突然消失而为现代人所代替这一现象，有人认为这种迅速的变化一般发生在3.5万年～4万年之间，只是随着地点的不同而时间稍有不同。在这样短的时间里，是不能由尼人转变成现代人的。但是近来也有证据表明，实际的时间可能要长得多，可以从尼人转变成现代人。
地层上的记录也远不是很清楚的，许多地点没有人骨而只有这种或那种类型的石器。较早的石器叫莫斯特文化，传统上是归之于尼人制造的。较晚的石器叫夏代尔贝龙和奥瑞纳文化，传统上被认为是现代人制作的。在一层莫斯特工具之上直接有一层夏代尔贝龙或奥瑞纳工具，便意味着现代人突然代替了尼人。
近年来的发现使这种明显划分的界限削弱了。发现了现代人的骨骼伴有莫斯特工具。最近又发现有一具尼人骨架伴随有夏代尔贝龙工具。
现在尼人改善的形象，更与现代人相似，也使其更可能成为现代欧洲人的祖先。
另一方面也有证据支持入侵说。当尼人在欧洲生存时。完全形成的现代人已在非洲和西亚出现。最近在西亚发现了从尼人演化到现代人的证据，其年代远早于欧洲。与邻近的人群通婚，在狩猎－采集人群中是长时期来通行的。结果是新的遗传性状逐渐扩散到邻近的人群中；偶尔的迁徙甚至冲突都可能在某些地方发生，从而加速这种扩散。许多人类学家相信，在人类漫长的演化过程中，经常的混杂缓慢地进行着，使基因得以扩散。
北师大版生物八下21.3人类的起源与进化