有两种解释。
一种是科学分析的解释，例如有人认为那一海域为洋流汇集之地，也是大西洋北美盆地的最深之处，因而，深海中可能有强烈的潜流和大漩涡，又由于冷暖海流的汇集，海面上容易产生一些暂时的浓雾，所以当船只、飞机进入这一海域之中或上空时，莫名其妙的失踪事件就发生了。这个解释听起来有道理，但是还不具很大的说服力，因为在地球上，有不少类似的海洋地质和气候条件的海域，可为什么唯独在百慕大三角区海域内，船舶飞机失踪事件发生得那么多。
另一种解释是猜测假设性的。有人认为，百慕大三角区海域深处有一股极强的磁力，可以使船只飞机的罗盘失灵。那么，为什么那里会有这么大的磁力呢?有人补充说，考虑到百慕大三角区海域的南部就是失踪的玛雅文明的所在地，所以百慕大三角区海底下面一定掩埋着玛雅文明的某些神秘之物，说不定，玛雅文明时代的原子核废料的堆集场就在百慕大三角区的海水下面。