赤潮，被喻为“红色幽灵”，是一种异常的生态现象，发生的原因也比较复杂。关于赤潮发生的机理，虽然至今尚无定论，但是赤潮发生的首要条件是赤潮生物增殖要达到一定的密度。否则，尽管其他因素都适宜，也不会发生赤潮。
在正常的理化环境条件下，赤潮生物在浮游生物中所占的比重并不大。但是由于特殊的环境条件，使某些赤潮生物过量繁殖，便形成赤潮。
水文气象和海水理化因素的变化是赤潮发生的重要原因。海水的温度是赤潮发生的重要环境因素，20摄氏度至30摄氏度是赤潮发生的适宜温度。
科学家发现一周内水温突然升高2摄氏度以上，是赤潮发生的先兆。另外，海水的化学因子如盐度变化也是促使生物因子赤潮生物大量繁殖的原因之一。
盐度在26至37的范围内，均有发生赤潮的可能。但是当海水盐度在15至21.6时，容易形成温跃层和盐跃层。温跃层、盐跃层的存在为赤潮生物的聚集提供了条件，易诱发赤潮。
由于径流、涌升流、水团或海流的交汇作用，使海底层营养盐上升到水上层，造成沿海水域高度富营养化。营养盐类含量急剧上升，引起硅藻的大量繁殖。这些硅藻过盛，特别是骨条硅藻的密集常常引起赤潮。
这些硅藻类又为夜光藻提供了丰富的饵料，促使夜光藻急剧增殖，从而又形成粉红色的夜光藻赤潮。
据监测资料表明，在赤潮发生时水域多为干旱少雨，天气闷热，水温偏高，风力较弱，或者潮流缓慢等水域环境。
海水养殖的自身污染，也是诱发赤潮的因素之一。在养殖虾的过程中，人工投喂大量配合饲料和鲜活饵料。导致池内残存饵料增多，严重污染了养殖水质，为赤潮生物提供了适宜的生物环境，使其增殖加快。
自然因素也是引发赤潮的重要原因，赤潮多发除了人为原因以外，还与纬度位置、季节、洋流、海域的封闭程度等诸多自然因素有密切联系。