甲醇锅炉要比天然气锅炉成本低。
甲醇锅炉具有环保无污染的优势，并且甲醇燃料属于可再生的生物质燃料范围，很多环保要求高的城市，选择使用甲醇锅炉。天然气锅炉也属于高效节能环保型锅炉，但是天然气属于化石燃料，环保效果要比甲醇锅炉次一点，但是已经完全可以满足需求了。但是甲醇锅炉操作相比较天然气锅炉麻烦一点，一根天然气管道就解决了燃料问题，而甲醇锅炉燃料还需要购买、运输、存放等。
甲醇燃料还具有腐蚀性大、挥发性强的特点，燃烧器和管路系统比较复杂，操作是必须要注意安全，天然气燃料则需要安装检测仪器，以防出现泄漏的危险。