您这个问题我想可以从以下几点来回答：
1、 现在公办本科院校，全部都归省教育厅及上级单位管理（如教育部、国防部、科技部等），或者有省部级单位与地方政府共管，也就是说没有所谓的市级本科院校，就山东省而言，其地方性质的院校有鲁东大学、泰山学院、烟台大学、济南大学、聊城大学等等，
2， 现在有些私立大学也具有本科授予权，但其管理单位也是在省教育厅备案的，市级单位不具有管理的职权。
3、但是高校所处的地方政府会在其后勤服务和财政上给予当地高校一些帮助，一般而言地方财政收入越高，当地的高校获得当地政府的资助的数额就会越高，也就有利于高校的发展。
4，您所指的市级高校可能是指在市级地区的高校：
山东有：
济南市：济南大学 ，山东科技大学，山东建筑工程学院 ，山东轻工业学院 ，山东交通学院
山东中医药大学，山东师范大学 ，山东经济学院 ，山东财政学院 等等
青岛市：中国海洋大学、石油大学(华东)、青岛大学、青岛理工大学、青岛科技大学、
青岛农业大学等等
泰安市：山东农业大学, 山东科技大学, 泰山学院, 泰山医学院, 山东服装学院等
日照市：曲阜师范大学、山东体育学院、济宁医学院等
烟台市：烟台大学，鲁东大学、山东工商学院等
菏泽市：菏泽学院
临沂市：临沂大学
淄博市：山东理工大学
潍坊市：青岛科技大学(高密校区)，潍坊医学院，潍坊学院，潍坊科技学院
德州市：德州学院
滨州市：滨州学院，滨州医学院
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