总得来说，两者检查都不是很好受，都是要通过外物去检测，比较下来肠镜相比较胃镜检查更难受。
肠镜检查前需要充分准备肠道，检查过程主要是以一个直径一公分左右的纤维镜子从肛门进入，经过乙状结肠升结肠、横结肠降解成到达回盲部，需要经过乙状结肠结肠肝曲，结肠脾区等生理弯曲，需要注气，并且勾拉肠道，可能会引起腹部胀痛不适的感觉。
胃镜检查过程中，通过咽喉部时可能会伴有恶心不适的感觉。而且由于胃镜是从口腔进入胃里面进行检查的，因为人的口腔黏膜比较敏感，所以一般做胃镜的时候是比较痛苦的，而肠道做肠镜的时候就从肛门伸进肠道里面去的，由于肛门感觉不太敏感，所以一般肠镜没有多大的痛苦。所以现在做胃镜的时候都采用做无痛胃镜的方法进行检查，而做肠镜并没有无痛肠镜这种说法的，现在医学很发达了
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