广州中山大学附属肿瘤医院与广州医科大学附属肿瘤医院区别是成立时间不同、设施不同。中山大学肿瘤防治中心(中山大学附属肿瘤医院)是国内规模大、学术力量雄厚的集医疗、教学、科研、预防于一体的肿瘤学医教研基地之一。
中心由1964年建立的原“华南肿瘤医院”与原中山医学院肿瘤研究所联合组建而成，实现了临床诊治与基础研究的紧密结合。中心老一辈的专家，谢志光、梁伯强、林剑鹏、李振权、李国材、管忠震、区宝祥、潘启超、闵华庆、廖月琴等，在国内学术界做出卓越的贡献，他们严谨治学的科学精神及治病救人的仁心仁术积淀为我院优秀的文化传统，激励着一代代学人奋斗不息。
1999年本中心肿瘤学成为广东省重点学科，2001年被评为国家重点学科，同年成立国内首家抗肿瘤药物临床试验研究基地(GCP中心)。2005年获评华南肿瘤学国家重点实验室。本中心还是世界卫生组织癌症研究合作中心。
2003年与美国著名的M.D.Anderson癌症中心结为姐妹医院，与瑞典、日本、法国、英国等世界先进的癌症防治机构亦有合作和交流。2009年4月，中心升格为副厅级单位，升格后的肿瘤防治中心设置了7个职能处室、27个业务科室。2009年12月，中山大学肿瘤防治中心地下放疗中心落成，成为亚洲大的放疗中心。2010年底中心成为“广东省肿瘤规范化诊疗指导中心”。
2010年12月，华南生物治疗基地在我中心正式挂牌。中心现有职工1534人，其中高级职称人员240名，中国科学院院士2名，博士生导师48人，硕士生导师97人，在读研究生400余人。硕士、博士招生专业：肿瘤学、影像医学与核医学、麻醉学、分子医学。
广州医科大学附属肿瘤医院，创建于1987年9月，占地总面积为3.3万平方米，建筑面积61018平方米，位于广州市越秀区横枝岗78号，是一所三级甲等肿瘤医院，现已实现医保广东省全覆盖，同时是湖南郴州、衡阳、青岛等地的医保定点医疗肿瘤医院机构。