专项审计报告的主要内容应包含：
一、说明部分
①说明委托方以及审计目的。
②说明会计责任、审计责任和审计的依据。
二、企业及项目基本情况
①公司名称、注册日期、法定代表人等基本信息。
②简述项目情况。
三、项目合同及相关规定
①项目申报的时间、名称、合同签订时间等等。
②项目投资总额。
③创新基金的用途。
④项目合同规定的各项经济指标情况。
四、合同执行期间项目各项经济指标完成情况
①资金到位情况。
②资金支出情况。
③项目各项经济指标完成情况。
五、报告附注
①会计政策注释。
②企业适用税种及税率。
③主要财务指标注释。
专项审计调查报告：
专项审计调查报告是专项审计调查工作结束后，专项审计调查组向审计机关提出的报告。
撰写专项审计调查报告的要求：
①专项审计调查报告应当事实清楚，数据准确。
②专项审计调查报告应当实事求是，客观公正。
③专项审计调查报告应当内容完整，重点突出。
④结构紧凑，逻辑清晰。
专项审计包括工程预决算审计,离任审计,专项资金审计,双软认证审计,软件企业专项审计,高新认定专项审计,企业内部审计
出具各类专项审计报告可以在支付宝跑政通上办理：
1支付宝搜索【跑政通】
2进入小程序选择【审计报告】
3选择需要办理的审计报告类型，比如【年检审计】
4填写资产和收入，系统会给出报价
5和工作人员对接材料
7办理完成后，审计报告邮寄到手上，非常方便