一、出口退税登记
（一）开业登记
有进出口经营权的生产企业按照《国家税务总局关于印发〈出口货物退（免）税管理办法〉的通知》（国税发[1994]031号）的规定，自取得进出口经营权之日起三十日内向主管退税机关申请办理出口退税登记，没有进出口经营权的生产企业应在发生第一笔委托出口业务之后十五日内向主管税务机关申请办理出口退税登记。
（二）变更登记、注销登记
1、变更登记：出口生产企业登记事项发生变更的，应在工商行政管理机关办理变更或有关机关批准宣布变更之日起三十日内，到所在地退税部门提出变更申请，并提供相应证明材料。
2、注销登记：出口企业发生破产、解散、撤消以及其他依法应当终止退税事项的，须在向工商行政管理机关办理注销登记前申请办理出口退税注销登记，并向主管退税税务机关提出退税清算报告。
《出口企业退税登记证》不得转借、涂改、损毁、买卖或者伪造；纳税人遗失出口退税登记证，应当书面报告所在地退税部门并登报公告声明作废，同时提出申请补发。
二、免抵退税企业认定
免抵退税企业是指经退税机关核准办理出口退税登记，实行独立核算，属于增值税一般纳税人，并且具有实际生产能力的企业或企业集团。其自营或委托外贸企业代理出口的自产货物，实行免抵退税管理办法。经登记鉴定为免抵退税的企业，不论有无出口业务发生，都必须按免抵退税方式进行纳税申报。
退税部门对小规模纳税人和新发生出口业务的生产企业按以下规定进行认定和处理：
1、增值税小规模纳税人出口自产货物继续实行免征增值税办法。
2、新发生出口业务的生产企业自办理出口退税登记之日起12个月内的出口业务，不计算当期应退税额，当期免抵税额等于当期免抵退税额；未抵顶完的进项税额，结转下期继续抵扣，从第13个月开始按免抵退税计算公式计算当期应退税额。新办企业的认定标记为“F”类。
三、纳税申报
出口生产企业在货物出口并按会计制度的规定在财务上做销售后，应在每月10日前向主管国税部门进行纳税申报，并提供相应的免税申报明细。
经主管征收部门认定实行免抵退税管理的出口生产企业，应购买全省统一使用的 “生产企业出口货物退（免）税申报系统”〔下称退（免）税申报系统〕申报软件。
（一）免税申报信息的录入与生成
免抵退税企业在每月10日前，通过退（免）税申报系统录入并生成所属期为上个月的免税明细信息。
1、信息录入
（1）免税明细申报数据录入
免抵退税企业通过退（免）税申报系统录入出口货物免税明细申报表的数据。录入的依据为企业所属期月份的出口销售明细账，企业应严格按销售实际发生的日期记账，若一笔出口销售对应多张出口发票，应按发票号码分开录入。为了保证录入内容的准确性，企业录入人员应掌握每笔出口销售业务的贸易性质（建议在出口销售明细账摘要栏中注明）。对于所属期内发生的、应冲减出口销售的运保佣费用录入负数，运保佣费用无法分清对应的出口货物明细时，录入的退税率一律从高。
（2）进料加工抵扣明细录入
免抵退税企业在申报所属期内，收到退税部门开具的“生产企业进料加工贸易免税证明”或“生产企业进料加工贸易免税核销证明”，通过退（免）税申报系统，将证明的内容录入系统，用于向征收部门申请免抵退不予抵扣税额的抵减额。
2、生成申报表和申报数据
免抵退税企业将每月录入的免税信息按规定的格式打印申报表、生成电子数据，在进行纳税申报时一并上报征税部门。
（1）通过退（免）税申报系统，打印《生产企业出口货物免税明细申报表》和《生产企业进料加工抵扣明细申报表》。打印的纸张为A4纸，打印的项目不可增加或减少，打印的内容不可更改，打印的内容若需要修改，须回到信息录入界面进行修改后，再重新打印表格，以免发生申报表内容与申报的电子数据内容不一致。
（2）通过退（免）税申报系统，生成免税申报电子数据。
（二）纳税申报
免抵退税企业进行纳税申报时，除了一般纳税人纳税申报所需提供的纳税资料外，还需提供相关免抵退资料：
四、退（免）税申报
出口生产企业应在每月15日前，对收齐退税凭证的出口货物和进料加工业务向主管退税部门办理退（免）税申报。
（一） 退（免）税申报信息的录入与生成
1、退（免）税申报信息的录入
（1）退税明细信息录入
免抵退税企业对于已进行免税申报的出口货物，收齐收汇核销单（退税专用联）和出口货物报关单（退税专用联）等退税单证后，将相关信息通过退（免）税申报系统录入申报系统。退税明细申报录入的依据为企业的出口货物报关单，录入的外币金额为报关单上列明的出口货物离岸价格。若一张出口报关单对应多张出口发票，应在出口发票号栏中录入其中一个出口发票号码，其余的出口发票号顶格录入“关联发票号码”栏中，关联发票号码之间用“+”号相连。清算期内的退税明细申报录入，所属期一律为200213。
（2）纳税汇总表数据录入
免抵退税企业通过退（免）税申报系统录入当月的纳税数据。纳税汇总表数据录入的依据为当月纳税申报数据，其中“出口货物免税销售额”、“不予抵扣税额”、“不予抵扣税额抵减额”三个项目根据当月的免税明细录入信息自动产生。
（3）进料加工手册登记录入
免抵退税企业申报所属期内申领的进料加工手册，应向退税部门办理登记，通过退（免）税申报系统录入手册信息。
（4）进口料件明细申报录入
免抵退税企业申报所属期内收到贸易性质为进料加工的进口货物报关单，应将进口货物报关单的信息录入系统，并向退税部门申报。通过退（免）税申报系统进口信息，录入的依据为进口货物报关单。
2、生成退（免）税申报表和申报数据
免抵退税企业进行退（免）税申报时，将每月录入的退（免）税信息打印成表并生成电子数据。
（1）通过退（免）税申报系统，打印《生产企业出口货物免抵退税汇总申报表》、《生产企业出口货物退税明细申报表》、《生产企业进料加工进口料件明细申报表》、《生产企业进料加工贸易免税申请表》、《生产企业进料加工登记信息》、《生产企业增值税纳税情况汇总表》。打印的表格中，《生产企业出口货物免抵退税汇总申报表》和《生产企业进料加工贸易免税申请表》由申报系统自动产生，不需要录入数据。《生产企业进料加工贸易免税申请表》、《生产企业进料加工登记信息》和《生产企业进料加工进口料件明细申报表》中的内容若为空，则不需要打印。打印的纸张除《生产企业出口货物退税明细申报表》为A3纸，其余都为A4纸，打印的项目不可增加或减少，打印的内容不可更改，打印的内容若需要修改，须回到信息录入界面进行修改后，再重新打印表格，以免申报表格内容与申报的电子数据内容不一致。
（2）通过退（免）税申报系统，生成退税申报电子数据。若生成电子数据后，需要对数据进行修改，可以通过退（免）税申报系统，输入需撤消的免税申报所属期，确认后进入免税数据录入环节修改数据，然后重新打印申报表和生成免税申报数据。
（二）退（免）税申报
出口生产企业的退（免）税申报工作，应由该企业指定的专职办税员（有有权国税局颁发的办税员证）办理，退（免）税申报应提供相关资料、报表及电子数据。所有报表应按规定加盖企业的相关印章方为有效。
2、退税单证
（1）《生产企业出口货物退税明细申报表》所附单证包括：①出口商品专用发票；②出口收汇核销单（出口退税专用）；③出口货物报关单（出口退税专用）；④代理出口协议或合同（副本）、代理出口货物证明（委托外贸企业代理出口时提供）。以上单证应为原件，并按退税部门的要求装订成册。
（2）《生产企业进料加工进口料件明细申报表》后附进口货物报关单（复印件）等单证，并按退税部门的要求装订成册。
（3）《生产企业进料加工登记申报表》后附进料加工登记手册（复印件），复印件的内容包括：手册封面、企业加工合同备案呈报表（预录入）、手册第一页。
五、免抵退税单证办
免抵退税企业涉及的下列单证，由各地退税部门负责办理。
（一）《生产企业进料加工贸易免税证明》
免抵退税企业出口货物如果有贸易性质为进料加工的，在该笔货物进行退税申报的同时，向主管退税部门申请出具《生产企业进料加工贸易免税证明》，证明办理流程如下：
1、进料加工业务的登记
免抵退税企业领取进料加工登记手册，应向退税部门办理手册登记。
2、进料加工进口料件明细申报
免抵退税企业有进料加工贸易性质的货物报关进口并拿到进口货物报关单后，应向退税部门办理进口料件明细申报。
3、进料加工贸易免税申请
免抵退税企业每月打印和生成退税申报数据时，如果有贸易性质为进料加工的货物，退（免）税申报系统自动根据进料加工手册登记的计划分配率生成《生产企业进料加工贸易免税申请表》数据，企业作为退税申报的内容之一向退税部门提出免税申请。
5、进料登记手册的核销
（1）进料加工登记手册海关核销
免抵退税企业在《进料加工登记手册》最后一笔出口业务在海关核销后、《进料加工登记手册》被海关收缴之前，将手册复印。
（2）进料加工登记手册核销登记
免抵退税企业手册在海关核销后，本手册项下出口货物的退税单证全部收齐，并已办理退税申报后，应向进出口税收管理分局办理进料加工手册核销登记。
进料加工登记手册核销登记步骤如下：
①录入信息；
②打印申请表；
③生成申报数据。
（3）进料加工手册登记核销申请
企业持《生产企业进料加工手册登记核销申请表》和对应的电子数据，向主管退税部门办理进料加工手册核销手续。
①《生产企业进料加工手册登记核销申请表》及相应电子数据；
②向海关办理核销的《进料加工登记手册》复印件；
③间接出口货物的报关单复印件；
④海关补税的税收缴款书复印件。
对属于间接出口结转来的进料加工登记手册，若对方结转过来的进口料件未实行免税，而是开具增值税专用发票，则该手册进行登记时，计划进口总值为0，即该本手册的计划分配率为0。进口料件明细申报和退税明细申报照常进行。该本手册在核销时，核销项目中的“其他减少进口料件”栏，输入该本手册的全部进口料件总金额，使得该本手册的实际分配率为0。
（二）来料加工免税证明
1、来料加工手册登记
免抵退税企业自海关取得《来料加工登记手册》后，应向退税部门办理登记。
（1）登记信息录入
通过出口货物退（免）税申报系统，将手册相关内容录入系统。
（2）生成《生产企业来料加工贸易免税申请表》
企业通过出口货物退（免）税申报系统，选中“生产企业来料加工免税证明申请表”，按“增加”按钮，确定后根据来料加工登记手册的信息生成《生产企业来料加工贸易免税申请表》。
通过退（免）税申报系统，选中“生产企业来料加工手册登记”，按“增加”按钮，确认后生成《生产企业来料加工贸易免税申请表》申报数据。
（3）申请开具《生产企业来料加工贸易免税证明》
免抵退税企业向主管退税部门申请办理来料加工免税证明，并提供以下资料：
①《生产企业来料加工贸易免税申请表》及对应的电子数据；
②来料加工登记手册复印件（复印件按申请表的顺序号装订成册）、其中复印件的内容包括手册封面、企业加工合同备案呈报表（预录入）、手册第一页；
③外经贸主管部门批准的《加工贸易业务批准证》及有关清单。
免抵退税企业涉及的下列单证，由市进出口税收管理分局负责办理。
（三）补办出口货物报关单证明
生产企业遗失出口货物报关单（出口退税专用）需向海关申请补办的，可在出口之日起六个月内凭市进出口税收管理分局出具的《补办出口货物报关单证明》，向海关申请补办。
1、补办出口货物报关单信息的录入
出口企业通过退（免）税申报系统，将遗失的货物报出口关单信息录入系统。
2、生成《关于申请出具（补办出口报关单证明）的报告》
企业通过退（免）税申报系统，在“申请出具（补办出口报关单证明）的报告”栏选中需补办的出口货物报关单，按“增加”按钮，确定后根据录入的遗失出口报关单信息生成《关于申请出具（补办出口报关单证明）的报告》。
通过退（免）税申报系统，在“申请出具（补办出口报关单证明）的报告”栏选中需补办的出口货物报关单，按“增加”按钮，确认后生成《关于申请出具（补办出口报关单证明）的报告》申报数据。
3、申请开具《补办出口货物报关单证明》。
免抵退税企业向市进出口税收管理分局申请出具补办出口货物报关单证明，并提供相关资料及电子数据：
（四）退运已办结税务证明
生产企业在出口货物报关离境后因故发生退运，海关已签发出口货物报关单（出口退税专用），若企业已申报退税，可以凭市进出口税收管理分局出具的《退运已办结税务证明》，到海关提取退运货物。
1、退运已办结税务证明信息的录入
通过退（免）税申报系统，将退运信息录入系统。
2、生成《出口货物退运已办结税务证明申请》
企业通过退（免）税申报系统，在“出口货物退运已办结税务证明申请”栏选中退运对应的出口货物报关单，按“增加”按钮，确定后根据录入的退运信息生成《出口货物退运已办结税务证明申请》。
通过退（免）税申报系统，在“退运已办结税务证明申请的报告”栏选中退运对应的报关单，按“增加”按钮，确认后生成《出口货物退运已办结税务证明申请》申报数据。
3、申请开具《退运已办结税务证明》
免抵退税企业向市进出口税收管理分局申请出具《退运已办结税务证明》，并提供相关资料及电子数据。
我只知道出口的 就写上了 和进口在程序上应该没有太大区别吧，具体操作内容一定不同了，仅供参考．
参考资料：http://www.chembb.com/InfoCenter/News/complex_deatils.asp?profession_sort=01&sort=ICA01&id=A02001103004