按照变质岩区1:5万区调填图工作程序，除设计阶段收集资料的室内综合整理外，整个野外工作的室内整理，可概略分为两个阶段（野外工作，最终报告编写阶段），三类级别［初级（日整理）、中级、高级（最终综合整理）］，六种类型（日整理、阶段一年度整理、剖面整理、验收整理、补课整理、最终综合整理）。最终报告编写阶段的综合整理为狭义的室内综合整理，本节专述此部分内容。
室内综合整理是地质填图野外工作以及野外验收全部通过后，转入报告编写阶段后进行的。综合整理的过程就是综合分析研究的过程，也是编制各种成果图件和地质报告构思的过程。
最终室内综合整理是在已往资料整理的基础上，更全面、更系统地整理各项实际资料及鉴定，测试分析成果，进行深入分析研究，使其系统化、条理化，总结经验，由感性认识上升到理性认识，得出符合实际的认识，其精度与深度直接影响整个最终成果的质量。一般说，最终室内综合整理分析研究包括两个方面，即：地质资料的综合整理与分析研究、定稿图件的编制。
（一）原始资料的整理与分析
原始资料整理与分析的内容和要求，参见本章第一节相关内容。此外，还应进行如下工作：
（1）收回各组野簿，按1:5万区调总则与规范要求，先自检（自检率100%），小组交换复检（复检率100%），技术负责或队长抽检（抽检率25%）。检查的主要内容：野簿是否完备、各项数据是否上墨、格式是否标准，文图是否吻合、路线是否写有小结等。写出质量报告单，然后统一编号，以便于查阅。
（2）运用测制的变质岩剖面资料并结合相关鉴定结果编制变质相图、变质事件图表、综合地层柱状图等。
（3）对变质岩区的构造研究进行综合分析，编制构造变形事件演化图表、图切构造剖面，并建立构造演化模式图等。
（4）全面审查各种野外图件（如实际材料图等）内容的完整性，充实完善遥感地质解译报告。
概言之，原始资料的综合分析研究要做到整理全面性、综合逻辑性、分析严谨性、图表艺术性。
（二）各种基础图件的编制
变质岩区最终整理要编制的基础图件非常繁多，应根据工作的任务和性质，工作区的地质特色以及要达到的目的来编制各类基础图件。各种图件的编制必须做到：主题明确、资料真实、内容完备、精度良好、层次分明、表达新颖、图例统一、美观完整、清晰易读。
下面仅对常见图件的编绘要求予以介绍：
1.实际材料图（亦称野外清图）
它是最基础的图件之一，是任何岩区作者原图、编稿原图、地质图的前身。比例尺为1:2.5万。具体编绘要求参见第四章第一节实际材料图的编绘内容。
2.遥感地质解译图
遥感地质解译图亦是最基本的图件之一，比例尺1:5万。在野外路线观察、调绘、建立了更清楚的解译标志后，在前期遥感地质解译图（草图）的基础上修编即可。编制方法参加第二章第一节的有关内容。
3.构造纲要图（亦称地质构造图）
它是地质报告构造部分的重要图件之一，用来作为表示区域构造特点的基本图件。它是以地质图为基础和对大量实际资料的综合分析后用规定的符号，先将图面规模较大的断层画出，然后画出构造层或构造运动面的界线，最后把褶皱轴表示出来。用此图阐明区域中构造特点和构造发展史。具体编制方法参阅本章第一节内容。
4.综合柱状图
编制变质岩的综合柱状图要根据是成层有序的，还是层状无序的；其编制的格式不一，简述如下：
（1）成层有序的变质岩的综合柱状图，其填图单位是以岩石地层单位为主，次为构造－岩石地层单位，综合柱状图应以表现地层多重划分对比的内容。综合柱状图的格式（表5-3）。
（2）层状无序中深层变质岩区的综合柱状图，该岩类区的填图单位为构造－岩石地层单位，或有少许构造－岩石单位。区内填图单位的时序及纵向叠置关系，主要是依据各种地质事件作用演化特征与对比，结合同位素测年结果，进行综合分析推断而确立的。因此，综合柱状图以反映填图单位的岩性特征和地质事件演化为特色，其综合柱状图的格式如表5-4所示。
表5-3 成层有序变质岩综合柱状图（表格式）
表5-4 层状无序中深层变质岩综合柱状图（表格式）
5.其他图件
图切地质剖面的编制可参见本章第一节有关内容。此外，还有地质事件序列图、叠加褶皱构造图参见《1:50000变质岩区工作方法》等相关内容，编制各种综合表格，如：地层（岩层）划分及对比表；变质侵入岩划分表；构造事件表以及地质报告中所附的各种表格和插图等。具体参照有关变质岩区样板图的作法。