公司跟税务部门和银行都有实时缴税三方协议，公司只是代扣了，但公司不会也没法私自克扣下你的个人所得税，你的个人所得税每个月会从公司对公账户上被银行扣掉。工资薪金个税的计算公式为：每月工资减去每月应缴纳的五险一金，再减去个税免征额3500元，以上所得的数额乘以适用税率，最后再减去速算扣除数，最终所得的数额即为所应缴纳的个税数额。
发工资扣税方法为由企业进行核算，并在发放给职工前进行代扣代缴，然后统一到当地地税局申报缴纳。工资扣税等于全月应纳税所得额·税率-速算扣除数全月应纳税所得额。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》
第三条 个人所得税的税率：
（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率（税率表附后）；
（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率（税率表附后）；
（三）利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。
第十五条 公安、人民银行、金融监督管理等相关部门应当协助税务机关确认纳税人的身份、金融账户信息。教育、卫生、医疗保障、民政、人力资源社会保障、住房城乡建设、公安、人民银行、金融监督管理等相关部门应当向税务机关提供纳税人子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等专项附加扣除信息。
第六条 应纳税所得额的计算：
（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额；
（二）非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额；
（三）经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额；
（四）财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额；
（五）财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额；
（六）利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。
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