首先声明都是个人观点，有不对的地方望指正 ：）
1） 从全国各校的宏观来看
国内自动化专业的好地方不少，但研究的方向重点都各有不同，比较好的有（可能不全，望指正）
北京：清华大学；中科院自动化研究所；北京理工大学；北京航天航空大学
天津：天津大学
江浙：上海交通大学；浙江大学；东南大学；
华中：国防科技大学；华中科技大学
东北：哈尔滨工业大学；东北大学；中科院沈阳自动化研究所；
西部：西安交通大学
2） 以清华为主要介绍对象就各个方向说一下
1、控制理论与控制工程：
拥有这个方向的国家重点学科的学校有：清华大学 北京理工大学 东北大学 上海交通大学 东南大学 浙江大学 西北工业大学
清华大学研究领域广度深,在拥有传统优势的控制理论与控制工程方面极负盛誉
清华的控制工程与控制工程，分为了3个研究所：
系统集成研究所，过程控制研究所和控制理论研究所。
毫无疑问，系统集成（也就是CIMS）研究所实力最强，有院士和CIMS国家工程中心； 控制理论所也很强，而且基本上老师都有项目，很少有搞纯理论的了； 过程所也挺强，老师实力也很强，但方向比较明确，就是过程控制，多用于化工厂等地方的生产流程的总体控制，多用到总线、动态控制之类的东西
2、检测技术与自动化装置：
拥有这个方向的国家重点学科的学校有：天津大学 浙江大学
这个方向实用性很强，和仪表，测试等方向很接近，也只有这个方向是自动化的几个二级学科里是完全偏硬件（当然也有软件，但很少）的
清华的这个方向从表面看来实力一般，其实不然，且不说牛人要靠自己努力，单说导师的情况，也许没有别的所博导多，但是我所知道的检测所导师都非常的负责（尤其是硕导），而且有项目，虽然不像CIMS有那种很大的横向项目，但是做小项目有效项目的好处，就是能接触到项目的整个过程，再加上老师的负责指导，对能力的提高就不必多言了吧。所以检测所非常非常的适合读硕士。当然前提是大家要对单片机，DSP，FPGA之类的硬件感兴趣，呵呵
3、系统工程：
拥有这个方向的国家重点学科的学校有：华中科技大学 西安交通大学
这个方向相对其他几个方向来说比较年轻，但他的作用也不容忽视，系统工程国内搞得比较多的是智能决策、智能交通等，说白了，有点像管理，是研究如何提高效率的。
清华的这个方向老师比较少，但实力却不弱，对于外校的考生来说，最大的缺点是招的比较少，每年也就2~3个，呵呵
4、导航、制导与控制：
拥有这个方向的国家重点学科的学校有：北京航空航天大学 哈尔滨工业大学 哈尔滨工程大学
这个方向具体做什么就不用多言了吧。国内做的比较多的应该是陀螺仪；仿真；和制导控制，要是想从事航天等领域的话，可以说是不二之选
但很可惜，清华自动化在这个方向实力一般，隶属于过程所，而且都是老师的一个方向而已，基本没有专门搞这个方向的，但精仪系有导航这个方向，实力不错，但也很可惜，基本上精仪的这个方向都是推研（保送）上的。
这个方向推荐的学校 北京航空航天大学，北京理工大学，哈尔滨工业大学；航天科工集团研究院各单位。
这里特别强调下北理工，他实力也很强，经费不用多言，平均上亿还是有的，但和北航不同的地方在于，北理工的导航是导弹，而北航是航天
* 这里提到了北理工，就大概说一下，北里的好多专业都是围绕导弹来的，公认比较好的专业：通信与信号（雷达）；自动化（导弹控制各方面）；二院的机械电子（导弹引信）；光电（物理电子和光学工程，主要方向是军用光学，光学成像） ；车辆工程（至少国内前三，说第一也不过分。民用的很强，尤其是电动汽车，军用的实力更不用多说了，搞得是坦克）。。。这些方向科研经费之多，肯定超出你的想象，北理在专业不多的情况下科研经费每年都能在7亿，全国第3名左右（可能不是很准），也说明一定的问题，就是搞军工有钱，呵呵
5、模式识别与智能系统：
拥有这个方向的国家重点学科的学校有：清华大学 上海交通大学 南京理工大学 西安交通大学
这个方向？ 呵呵，应该在全国各个学校的自动化都是最热的吧：）至于搞什么也不必多言了
清华的模式识别与智能系统属于信息处理研究所 大体分为两个方向：模式识别，生物信息学，实力很强，每年的分数即便不是最高，也能和CIMS方向持平。。。
但是有一个问题在于，国内这个方向上有个不能不说的地方就是 中科院自动化所，人工智能（清华属于计算机系）和清华实力差不多；而在模式识别方向比清华强。招的人多，项目多，发的钱也多，难度也相对清华也低一些，实属上上之选。。当然你要是非清华不上，就没有办法了，呵呵
别的地方比较强的就是 上海交大和西安交大，华中理工也不错
6、其他相关方向
机器人：中科院沈阳自动化所，哈工大,国防科大，北航，上交
清华的机器人比较分散，自动化的控制理论所，精仪，计算机都有人在做
还有个北理的仿人机器人（专业名叫仿生技术），实力不错，那个黄强老师很厉害，那个十五成果展上会耍大刀的机器人就是他们的，呵呵
另外北航在单片机和嵌入式系统方面很强
3） 清华招生目录上方向对应。。和关于报考的建议
01控制理论与控制工程 -------------- 控制理论所和少量过程所
02检测技术与自动化装置 ------------ 检测所
03系统工程 ------------------------ 系统工程所
04导航、制导与控制 ---------------- 过程所
05企业信息化系统与工程 ------------ 系统集成所（CIMS）
06模式识别与智能系统 -------------- 信息所
07生物信息学 ---------------------- 信息所
推荐（排名按推荐优先顺序排列）：
模式识别与智能系统: 中科院自动化所 上海交大 清华大学 西安交大 华工
检测技术与自动化装置:清华大学 浙大 天津大学
控制理论与控制工程:清华 浙大 上海交大 东南大学 东北大学
导航、制导与控制：北京航空航天大学 哈尔滨工业大学 北京理工大学
系统工程： 西安交通大学 清华大学 华中科技大学
以上都是我的一点拙见，希望能给报考自动化专业，尤其是清华自动化的xdjm一点帮助
有什么不对地方，望大牛指教
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