果树根系分布的深度和广度，根系密集层的位置，年周期中根系生长的动态变化，以及随着树龄的增长，根系生长发育的进程，根系吸收和输送，贮藏水分、养分的能力等，均与土壤环境、施肥技术等密切相关。
1．根系的结构
果树的根系，通常是由主根、侧根和须根组成的。生长粗大的主根和各级侧根构成根系的主要骨架，统称为骨干根。
（1）主根和侧根。主根由种子的胚根发育而成。只有实生繁殖的树体才有主根和真正的根颈。营养繁殖的树体，其根系或来源于母体茎上的不定芽，如葡萄、无花果扦插繁殖，苹果矮砧压条繁殖，荔枝、龙眼高压繁殖，草莓的匍匐茎等；或来源于母体根上的不定芽，如枣、石榴、樱桃等的分株繁殖的个体。它们均无真正的主根，也无真正的根颈，因此，果树根系根据其发生来源，可分为实生根系、茎源根系和根蘖根系3种。实生根系一般主根发达，根系较深，年龄阶段较幼，生活力强，适应能力强；茎源根系和根蘖根系，其主根都不明显，根系较浅，年龄阶段较老，生活力和适应力都较弱。
主根具有向地性、避光性、趋肥性、垂直向下延伸的特点。
果树主根上分生的侧根，根据其在土壤中分布的状况而分为垂直根和水平根两种。
垂直根是与土表大体呈垂直方向向下生长的根系，大多是沿着土壤中的缝隙、蚯蚓及其他动物的通道向前伸展。果树根系的深浅依树种、品种、砧木、土层厚度及其理化性状等不同而异。如核桃、山核桃、银杏、香榧、柿的根系最深；梨、苹果、枣、葡萄、甜橙次之；桃、李、石榴、香蕉、菠萝较浅，垂直根不发达；果树砧木，通常乔化砧的垂直根远超过矮化砧；山地生长的果树根系生长受土层深浅和岩基分化程度的影响很大，山地土层薄，多数根系分布比平地的浅，地上部与地下部的比例（T/R值）一般比平地生长相对较小，但抗旱能力却较强；在土质疏松、通气良好、水分和养分充足的土壤中，根系发育良好；在地下水位高或土壤下层有黏盘层、砾石层的条件下，根系下扎明显受阻。据浙江农业大学（1964）对徐州果园调查结果表明，在地下水位高的一级阶地的苹果，其根系分布于1.0米土层内；在土层深厚、地下水位低的二级阶地，根系可深达3.6米以上。一般入土深度常比树高小。例如，苹果根系，在一般平原土壤中分布深度为树高的40%~70%，而在瘠薄的山地仅为树高的10%~20%，但却常能见到有较少量的骨干根可以深扎入心土岩石的裂缝中。
水平根大体沿着土体水平方向生长，它在土中的深度和范围依土壤、树种、品种、砧木不同而各异。就分布深度而言，一般与上述垂直根入土的深浅基本一致，即垂直根入土深的树种、品种、砧木、土质，水平根分布也较深。如香蕉、菠萝等宿根草本果树，大多数分布在土壤表层；温州蜜柑、桃、李等分布较浅，多在40厘米左右的土层内；苹果、梨则更深些；柿、核桃、银杏等分布深。就水平分布的范围而言，也与树种、品种、砧木、土壤环境等密切相关。如矮化砧较乔化砧的水平根发达；土壤深厚肥沃、管理水平高的果园，根系水平根的分布范围比较小，而分布区域内的须根特别多；在干燥瘠薄的山地土壤中，根系则能伸展到很远的地方，但须根稀少。
（2）吸收根。在各级骨干根上分生着许多较细的根称为根基，也称为须根。须根的先端发生的初生根即根毛称为吸收根。吸收根的分枝性极强，构成吸收根群，为吸收水分和养分的主要器官。吸收根的寿命很短，一般只有几天或几个星期，随着吸收根和新根的木栓化而死亡。但有个别树种，如伏令夏橙的根毛，能木栓化生存几个月，甚至几年。有些亚热带、热带的果树，如大多数的柑橘、荔枝、龙眼、杨梅、板栗、芒果、番木瓜以及长山核桃等具有菌根，一般不具根毛，菌根的菌丝体在土壤水分低于凋萎系数时，能从土壤中吸收水分，同时也能吸收养分，而且还能分解吸收土壤中磷素，供应果树生长所需的营养，与果树有共存共荣的关系。
某些果树的根系，为了适应特殊的生态环境而发生特异的进化，因而形成某些变态根以进行着特殊的生理功能。如香蕉的根，基部粗壮肥大，称之为肉质根，可以贮藏大量的水分和养分；还有些果树，如面包果、无花果、葡萄、樱桃、椰子以及某些苹果品种如凤凰卵、君柚、黄魁等，在其主干、主枝上附生有气根，这些气根可以吸收空气中的水分。