它们都是核酸酶，但是它们切核酸的方式不同。具体不同的地方在于：
1、水解位置不同；
2、切点要求不同；
3、分类不同。
从多核苷酸链末端水解核酸的酶称为核酸外核酶，而从多核苷酸链中部水解核酸的酶称为核酸内核酶，两者都是核酸酶，但它们切割核酸的方式不同。
核酸内切酶:
核酸内切酶是在核酸水解酶中，水解DNA分子链内部磷酸二酯键生成寡/寡聚核苷酸的酶。从对底物的特异性来看，可分为DNaseⅠ、DNaseⅡ等仅分解DNA的酶。
脾脏RNase、RNaseT1等仅分解RNA的酶；还有就是如链孢霉（Neurospora）核酸酶这类既分解DNA又分解RNA的酶。
一般来说，大都不具碱基特异性，但也有诸如HindⅢ、EcoRⅠ等具有限制性的，能够识别并切断特定的碱基或碱基序列的酶。
核酸外切酶:
核酸外切酶是一类能从多核苷酸链的一端开始按序催化水解3、5-磷酸二酯键，降解核苷酸的酶。其水解的最终产物是单个的核苷酸（DNA为dNTP，RNA为NTP）。按作用的特性差异可以将其分为单链的核酸外切酶和双链的核酸外切酶。
单链的核酸外切酶包括大肠杆菌核酸外切酶Ⅰ（exoⅠ）和核酸外切酶Ⅶ（exoⅦ）。核酸外切酶Ⅶ（exoⅦ）能够从5′-末端或3′-末端呈单链状态的DNA分子上降解DNA，产生出寡核苷酸短片段，而且是唯一不需要Mg2+离子的活性酶，是一种耐受性很强的核酸酶。
核酸外切酶Ⅶ（exoⅦ）可以用来测定基因组DNA中一些特殊的间隔序列和编码序列的位置。它只切割末端有单链突出的DNA分子。
扩展资料：
核酸内切酶（endonuclease）在核酸水解酶中，为可水解分子链内部磷酸二酯键生成寡核苷酸的酶，与核酸外切酶相对应。
从对底物的特异性来看，可分为DNaseⅠ、DNaseⅡ等分解DNA的酶；RNase、RNaseT1等分解RNA的酶。一般来说，大都不具碱基特异性，但也有诸如脾脏RNase、RNaseT1等或限制性内切酶那种能够识别并切断特定的碱基或碱基序列的酶。
参考资料：