水污染综合防治是指从整体出发，综合运用各种措施，对水环境污染进行防治。实施水污染综合防治是十分必要的，因为中国是一个水资源比较缺乏的国家，并且表现为两种：其一是资源型缺水，其二是水质型缺水。长期以来以点源治理为基础的排污口净化处理，不能有效地解决水污染问题，必须从区域和水系的整体出发进行水污染综合防治，才能从根本上控制水污染，解决水质型缺水的问题。
(1) 水污染综合防治的基本原则
1) 转变经济增长方式，提高资源利用率与水污染治理相结合
从“人类枣环境”系统的关系和“经济枣环境”系统的关系来看，人类的发展活动、特别是经济再生产过程是矛盾的主要方面。人类生态系统中水循环有两个方面，一是自然水循环，另外一个是社会用水循环（工农业生产用水和生活用水），在水循环过程中要保证安全用水界限，并尽可能不降低水的质量，就只有对经济再生产过程进行调节和控制，包括转变经济增长方式，调整经济结构、特别是要调整工业结构和改善工业布局，以及推行清洁生产等。当前调控手段和方法还很难做到完全不产生污染、不排放污染物，所以还需要有污染治理措施，两者相结合。
2) 合理利用环境的自净能力与人为措施相结合
排海工程、排江工程、优化排污口的分布都是合理利用水环境自净能力的措施。但要从整体出发进行系统分析，土地处理系统、排江、排海工程、一级和二级污水处理、氧化塘等各种措施要优化组合。
3) 污染源分散治理与区域污染集中控制相结合
污水综合排放标准规定的第一类污染物必须由污染源分散治理达标排放，对于小型工业企业可以采取污染治理社会化的方法来解决。对于其他的污染物应当以集中控制为主，提高污染治理效益，将两者结合起来。
4) 生态工程与环境工程相结合
利用生物治理技术，设计合理的工业链和合理的工业用水循环等都是有效的生态工程。但要与环境工程相结合才能发挥更大的作用。
5) 技术措施要与管理措施相结合
在规划、评价的基础上选定技术方案可以避免盲目性；技术方案实施后只有加强管理，才能使技术措施正常运行，获得良好的效益。