喀什地区植物资源有高山植被、平原绿洲植被、荒漠植被、沼泽植被等。全地区林地面积35.53万公顷，其中天然林22.93万公顷，森林覆盖率2.75%。树种有杨树、柳树、桑树、沙棘、槐树、梧桐、松树、杉树、柏树、红杉柳、胡杨、沙棘等。果树有桃、杏、梨、苹果、巴旦木、葡萄、无花果、石榴、樱桃、阿月浑子、核桃等。甜瓜和西瓜质地优良、含糖量高。农作物以sl,麦、玉米、棉花为主，还有水稻、大麦、高梁、油菜、胡麻、葵花、花生、芝麻、小茴香等。药用植物有甘草、党参、麻黄、雪莲等10多种。
动物家畜有羊、牛、马、驴、驼、骡、猪、兔等。野生动物有狐狸、野猪、黄羊、雪豹、雪鸡、野兔、松鼠等。还有种类繁多的飞禽。
喀什地区土壤有机质含量低，一般在1%以下。全地区有耕地57.5万公顷，园地3.3万公顷，牧草地161万公顷，可利用草场11.48万公顷（其中改良草场2.96万公顷、围栏草场1.38万公顷），水域面积79.9万公顷。
喀什地区各河系的源头位于冰川、山区积雪带，随着山区不同季节水分的融化而使各河的年内枯洪变化明显。全地区有叶尔羌河流域和喀什噶尔河流域，大小河流10条，其中较大河流有叶尔羌、提孜那甫、克孜勒、盖孜、库山等5条。
全区河水年径流量12047,立方米，还有地下回归水10亿立方米，水能蕴藏量760万千瓦，易开发120万千瓦。河流的来水特点是枯、洪期差异较大。6～9月洪水期的径流量为年径流量的60%～80%，此时水位涨落急剧，昼夜变化明显。
新中国成立后，随着大规模兴建水利设施，到20世纪80年代初期和中期，全地区修大、中、小型水库102座，总储水量13.39亿立方米，冬天储水量最高达10.7亿立方米，夏天储水一般在8亿～10亿立方米。主要储水季节在7～9月，总储水面积600平方千米，可灌溉农田26.03万公顷次。在102个水库中储水1亿立方米以上的水库有：小海子水库，储水4.55亿立方米；西克尔水库、永安坝水库、前进水库各储水1亿立方米。分布在苏吉卡克、依盖尔其、小海子的水库水源主要来自叶尔羌河。全地区水库库容变化大，所有水库除苏吉卡克水库有1 500立方米死库容外，其余水库很少有死库容。
喀什地区已发现矿产67种，矿产地224处。其中大型矿床12处。矿产主要有石油、天然气、煤、油页岩、铁、铬、钛、锰、钒、金、银、铂、铜、铅、镁、钻、钨、美矿、白云岩、萤石、熔剂灰岩、硫铁矿、自然硫、岩盐、蛇纹岩、重晶石、皂石、方纳磷、膨润土、水泥石灰岩、饰面大理石、石英岩、砂岩、黏土、宝石、玉石、东陵石、黄玉、石榴石、电气石、水晶、金刚石、玛瑙等。其中石膏储量居全国前茅，蛇纹岩储量居全国第三位，石油、天然气、水泥石灰岩、熔剂灰岩、饰面大理石、花岗岩、磁铁矿、硫铁矿、玉石储量丰富。