红河哈尼族彝族自治州是云南省的地级行政区，所以红河哈尼族彝族自治州属于云南省，不属于哪个市。
1949年12月，滇南人民行政公署在建水成立。
1950年2月滇南人民行政公署改称蒙自区行政督察专员公署，3月驻地迁蒙自，12月改称云南省人民政府蒙自区专员公署（简称蒙自专署）。
1954年设立红河哈尼族自治区，自治区人民政府驻元阳县新街。原属蒙自专区的元阳（驻新街）、红河（驻迤萨）、金平3县划入红河哈尼族自治区。
1956年设立六村办事处（县级行政单位），作为红河哈尼族自治区的派出机关。
1957年11月18日建立红河哈尼族彝族自治州，自治州人民委员会驻蒙自县。原来由红河哈尼族自治区领导的元阳、红河、金平等3县及六村办事处和蒙自专区所属蒙自、屏边、河口、石屏、龙武（驻龙朋镇）、曲溪、建水、开远等8县和弥勒县划入红河哈尼族彝族自治州。
1958年原来由省直辖的个旧市划归红河哈尼族彝族自治州。红河哈尼族彝族自治州人民委员会由蒙自县迁往个旧市。撤销开远县，并入个旧市和文山县；撤销蒙自县，并入个旧市。撤销六村办事处，原六村办事处辖区及金平、元阳2县部分地区合并设立绿春县（驻大兴寨）。
2003年1月29日，国务院批复：红河哈尼族彝族自治州人民政府驻地由个旧市迁移至蒙自县。
红河哈尼族彝族自治州地处云南省东南部，北连昆明、曲靖，东接文山，西邻玉溪、普洱，南与越南社会主义共和国接壤，北回归线横贯东西。
红河哈尼族彝族自治州地处云南省东南部，与越南毗邻，国境线长848公里。地势是西北高东南低。地形分为山脉、岩溶高原、盆地（坝子）、河谷4部分。主要山脉为横断山脉南段澜沧江东侧的云岭南延东部分支哀牢山（西部分支为李仙江西侧的无量山）。红河大裂谷把境内地形分为南北两部分，南部为哀牢山余脉，山高谷深坡陡，地形错综复杂；北部为岩溶高原区，山脉、河流、盆地相间排列，地势较为平缓，喀斯特地貌尤为突出，著名的泸西阿庐古洞、建水燕子洞、弥勒白龙洞、开远南洞等大型地下溶洞就分布在这片地区。红河州最高处为金平县西南部西隆山，海拔3074.3米；最低处在河口县红河与南溪河汇合处，海拔76.4米（也是云南海拔最低点）。
红河哈尼族彝族自治州地处低纬度亚热带高原型湿润季风气候区，在大气环流与错综复杂的地形条件下，气候类型多样，具有独特的高原型立体气候特征。州内四季不甚分明，但干、雨季节区分较为显著，每年5～10月为雨季，降雨量占全年降雨量的80%以上，其中连续降雨强度大的时段主要集中于6～8月，且具有时空地域分布极不均匀的特点。