内战期间，查理二世跟随父亲四处走动，甚至出现在战场上。第一次英国内战开始时，他才11岁，但他12岁就目睹了边山战役的开幕，14岁就成为英国军队在西部地区的名义指挥官。1646年，查尔斯国王输掉了这场战争，年轻的王子从康沃尔逃到了法国，经过锡利岛和泽西岛。他那不屈不挠的母亲亨丽埃塔·玛丽亚(Henrietta Maria)当时已经住在查理二世(Charles II)的表妹路易十四(Louis XIV)的宫廷里。
在第二次英国内战期间，他在荷兰，在他的妹妹玛丽和她的丈夫，奥兰治王子威廉的宫廷里。他们不是未来的英国君主;他们是未来威廉三世的父母。
1649年1月查理一世被处决后，苏格兰议会宣布查理二世为“大不列颠、法国和爱尔兰国王”，并承诺在全英建立长老会后，查理二世在司康加冕。奥利弗·克伦威尔在前一年的邓巴战役中决定性地击败了苏格兰人，查尔斯决定进攻英格兰最终在伍斯特战役中战败。
有趣的部分来了;他逃离英国。他被迫逃离伍斯特，成了通缉犯，悬赏1000英镑捉拿他。查理二世身高6英尺2英寸(1.88米)，有着与众不同的外表，他依靠的是他的天主教支持者，这些人在保守秘密和藏匿难民方面有90年的经验。
这是他逃跑的全部路线。他曾多次计划通过威尔士、布里斯托尔和查茅斯逃跑，最终从苏塞克斯郡的肖勒姆逃到了法国。在这段时间里，他躲在一棵树上，这就产生了“皇家橡树”，很多酒吧都是以它命名的。据说他还发明了空白支票，给那些帮助过他的人一张白纸，他承诺当他成为国王时就会偿还。
回到法国后，他一贫如洗，生活拮据。他向西班牙寻求援助，组建了一支由流亡民众组成的衣衫褴褛的军队。他的弟弟约克公爵(后来的詹姆斯二世)率领这些军队参加了沙丘之战(英国历史上最有趣的战役之一)，在那场战役中，保皇派西班牙军队被克伦威尔派法国军队击败，终结了查尔斯成功入侵的希望。
事实证明，这样的入侵是不必要的。克伦威尔死于1658年，沙丘之战仅一年后，他的儿子理查继任护国公。理查德，绰号“摇摇欲坠的迪克”，既没有执政的欲望也没有执政的才能，很快就辞职了。在随后的动乱中，苏格兰总督乔治·蒙克(George Monck)进军伦敦(在此过程中成立了冷溪卫队)，强迫议会重新接纳1648年被解雇的长议会成员。英国举行了二十年来的第一次大选，结果保皇派和国会议员的支持率大致持平。
此时，查理表现出了一定程度的机智和敏感，考虑到他后来的声誉，这是令人惊讶的，他发布了布雷达宣言，承诺不惩罚(除弑君者)，宗教宽容，良心自由和与议会合作统治。这足以动摇中间立场于是查理被邀请重新成为国王
1660年5月30日，查理30岁生日，他抵达伦敦。在充满暴力、危险、兴奋和悲剧的童年之后，国王回来了。