根据地铁施工方案，施工2号线西延长线既连接2号线油厂桥站，受越界施工影响，地铁2号线油厂桥站5月1日至元通站段至5月10日暂停，当时2号线油厂桥站，雨润街站临时停止运行(S3宁和油桥站正常运行，转入通道关闭)。调整2号线其余路段交通组织。在截流期间，将在圆通站和吉庆门街站之间安排两列列车，每列列车间隔约14分钟。庆门大街站之间的时间间隔、经天路站正常运行,与最小旅行间隔约3分钟在工作日高峰时段。
在建设中，油坊桥站与集庆门大街站之间将安排双向公交连接。公共汽车将沿连接段停在地铁站。公交换乘点一般位于地铁车站附近的公交车站。公交车运营时间:6:00-23:00(油坊桥)，6:15-24:00(集庆门大街接驳点);在繁忙时间(6:30-9:30、16:30-19:30)，列车将随流水发车，在正常高峰期，列车将以约5分钟的间隔发车。等乘客都坐满了，火车才会开。
为了应对需求转移2号线的客流转换施工期间,10号线的方向市中心在早上高峰时间在工作日是单向加密。宁和S3线将根据客流量增加备用列车。由于工作日因出行量大，换乘站更密集，南京地铁提醒广大市民出行时间和路线规划前，近距离步行、自行车、电动自行车等出行建议备选方案，如长途出行建议合理使用地铁和公交网络，到穿梭巴士转乘，尽量避免转乘到元通站。在油坊桥站附近乘坐地铁的乘客，请尽量通过宁和S3线。油坊桥公交站到城门口街集合传递信息将通过公告同步发布到地铁集团官方微博、微信和车站，引导广大乘客观看出行提示和车站标识，现场工作人员引导有序排队乘坐班车。
除了2号线外，由于S6线施工，围挡翻边将于2021年5月4日在马群站进行施工，工期预计在2021年12月底。在这一建设阶段，中山门大街将保持原有不变，中山门大街将向北侧移动，交通将在围挡南侧运行，围挡地方机动车将由西向东单车道(3车道)行驶。从东到西的公交专用道将保留(1车道)。东至西机动车将继续绕行中山门街-马群新街-陶家营路-环陵路-中山门大街。中银广场北侧围道界，设置临时非机动车停放处，方便非机动车停放。2号线的北入口和出口将被关闭，2号线换乘将转移到南部临时入口和出口。