扬子鳄在1988年12月被列为国家一级重点保护动物。被列入CITES附录Ⅰ，则被IUCN列为极危濒临物种。
为了保护扬子鳄，1979年在宣州夏家度建立扬子鳄养殖场，进行人工饲养繁殖研究。1982年6月建立扬子鳄保护区，1983年在保护区内设立扬子鳄繁殖研究中心，先后投资170万元，建成小型饲养库塘8座，分年饲养池10个，繁殖区1处，孵化、饲养、越冬系统1座。经过几年试验，基本成功，人工孵化成活率达95.4%，共繁殖幼鳄20000余条，荣获国家自然科学奖。
1983年5月24日，中华人民共和国邮电部发行一套《扬子鳄》特种邮票，全套只有2枚。
保护区建立以来，通过采取就地保护和人工繁殖相结合的措施，使扬子鳄的种群得到较大幅度的增长，初步解除了该种濒临灭绝的危险。
中外专家联手促扬子鳄重生，总数已过万条。在美国布朗克斯动物园人工环境中出生和长大的扬子鳄被引入崇明东滩野外栖息地后，首次成功繁育出下一代。2009年7月14日，国际野生生物保护学会执行总裁John Robinson表示，这为拯救极度濒危的扬子鳄提供了新的希望。
项目在中国国家林业局和上海市林业局领导下，由华东师范大学、WCS所属的布朗克斯动物园、上海实业（集团）有限公司湿地公园、浙江长兴扬子鳄自然保护区四家通力合作、共同实施，香港海洋公园提供了部分经费支持。
在野外发现了15个扬子鳄幼仔是从美国引入的扬子鳄和中国长兴扬子鳄的后代，这些幼鳄的诞生是一个里程碑，标志着WCS与华东师范大学等多家合作伙伴10几年的努力终于获得成功。
引入扬子鳄的计划始于1999年，当时WCS和安徽省林业厅、华东师范大学合作，在皖南开展了一个野生扬子鳄调查。调查发现，野生扬子鳄种群数量在不断下降中，现有数量估计不足130只。
为了提高野外扬子鳄的遗传多样性，WCS从北美引进了12只扬子鳄，其中布朗克斯动物园6只，迪斯尼动物王国和圣奥古斯丁鳄鱼养殖园各3只。在这些扬子鳄中，研究人员们挑选了3只，与浙江长兴扬子鳄自然保护区提供的3只扬子鳄一起，于2007年6月，释放到了崇明东滩湿地。
华东师范大学和崇明东滩湿地的监测人员发现，这些引入的扬子鳄成功地进入了冬眠，并且在第二年交配成功，在野外第一次产下16枚卵。
曾经在华东湿地广泛分布的扬子鳄是中国特有的一种鳄鱼，也是世界上体型最细小的鳄鱼品种之一，它既是古老的，又是现在生存数量非常稀少、世界上濒临灭绝的爬行动物。在中国已经把扬子鳄列为国家一类保护动物，严禁捕杀。扬子鳄也是现存两种钝吻鳄之一，另外一种是生存状况非常好的美国钝吻鳄。
在人工饲养条件下较难繁殖。1980年中国曾繁育出第一幼鳄，成为人工饲养条件下繁殖成功的先例。目前，浙江长兴县的扬子鳄省级自然保护区是集生态、科研、教育等于一体的多元化综合性保护区，是中国目前唯一的扬子鳄自然繁育基地。
扬子鳄多年来遭到大量的捕杀，洞穴被人为破坏，蛋被捣坏或被掏走。而化肥农药的使用也大大减少了扬子鳄的主要食物——水生动物的数量。建国初期，浙江长兴县及周边地区曾出现大批野生扬子鳄，由于人类繁衍和大量湿地被耕种，导致扬子鳄栖居环境恶化，其自然种群数量日趋减少。
据《2008年中国环境状况公报》介绍，目前扬子鳄等濒危物种放归自然的工作稳步推进。扬子鳄物种得到有效保护，数量总体呈上升态势，全国扬子鳄总数已经达到1万多条。
扬子鳄或称作鼍（tuó），是中国特有的一种鳄鱼，是世界上体型最细小的鳄鱼品种之一。它既是古老的，又是现在生存数量非常稀少、世界上濒临灭绝的爬行动物。在扬子鳄身上，至今还可以找到早先恐龙类爬行动物的许多特征。所以，人们称扬子鳄为“活化石”。因此，扬子鳄对于人们研究古代爬行动物的兴衰和研究古地质学和生物的进化，都有重要意义。我国已经把扬子鳄列为国家一类保护动物，严禁捕杀。为了使这种珍贵动物的种族能够延续下去，我国还在安徽、浙江等地建立了扬子鳄的自然保护区和人工养殖场。