Where you are和Where are you都是正确的表达。
你在哪里的英语表达是Where are you，这里是特殊疑问句。而当在句中充当宾语从句时，就要用Where you are。例如：
1、Where are you going for your vacation this summer?
今年夏天你去哪儿度假？
2、Stay where you are. You're not in my way.
在这儿待着吧，你碍不着我。
扩展资料：
特殊疑问句有两种语序：
1．如疑问词作主语或主语的定语，即对主语或主语的定语提问，其语序是陈述句语序
Whose bike is broken﹖
2．如疑问词作其他成分，即对其他成分提问，其语序是：特殊疑问词+一般疑问句【特殊疑问词+be/助动词/情态动词+主语+谓语】
What does she like?What class are you in﹖Where are you from﹖
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