生态农业起源于中国，其理论研究发展于欧洲，生态农业的发展最早主要以有机农业等替代农业为生产形式。20世纪30年代英国农业学家A.Howard曾到中国考察并认同中国农民利用有机残体和废物、垃圾等制成堆肥施入农田以维持地力常新的做法，还将这一经验上升成理论写成《农业圣经》流传于世，而“生态农业”这一概念是由美国土壤学家阿尔伯韦奇（W.Albreche）1970年首次提出。1981年，英国农学家伍辛顿（M.Worthington）在阿尔伯韦奇的基础上，对生态农业理论和内涵进行了丰富和发展，在《生态农业及其有关技术》一书中将生态农业定义为：“生态上能自我维持、低输入、经济上有生命力的，在环境、理论和审美方面可接受的变化的小型农业系统。”
1984年，美国农学家杰克逊（W.Jackson）进一步将生态农业定义为：生态农业是在尽可能减少人工管理的条件下进行农业生产，保护土壤肥力和生物种群的多样化，控制土壤侵蚀，少用或不用化肥农药，减少环境压力，实现持久性发展。
由于生态农业不仅可以科学合理地开发利用自然资源，有效提高农业生产力，同时可以保护农业生态环境，促进生态系统良性循环，避免使用农药、化肥等所带来的负面效应，弥补传统农业的先天不足，加之工业的快速发展和人口的增加，工业污染、生态环境退化等问题日渐威胁着人类的健康。故生态农业一经提出，得到了许多国家重视和响应，纷纷开展相关理论研究和试验示范。美国农业部将生态农业定义为：生态农业是一种完全不用和基本不用人工合成的化肥、农药、动植物生长调节剂和饲料添加剂，而是依靠作物和人工技术防治病虫草害生物生产体系。
与此同时，以罗代尔研究所为首，相继成立许多从事生态农业研究的研究机构，如新英格兰小农场研究所、华盛顿州的耕作研究农场、威斯康星大学环境研究所等。德国的生态农业主要以生物农业、生物动力学农工业形式出现，其主张在农业生产过程中采用轮作或间作等方式种植，利用腐殖质和施用有机肥保持土壤肥力，杂草、害虫使用机械除草或有益天敌等方法，动物饲养采用天然饲料；发对使用化学合成的化肥、农药等会造成化学污染的化学制剂；发对使用抗生素和转基因技术等。为保护从事生态农业农户的利益，德国还建立了自己的独立的“自然产品”销售系统，在各大城市均设有出售无化学污染食品的“自然食品”商店，其出售价格高于常规农业生产的农产品售价的1/3-1倍。随着生态农业的推广普及，英国、法国、荷兰、丹麦等西方国家都纷纷发展起生态农业，并于1972年在法国成立了国际有机农业运动联盟。此外，在亚洲、非洲、南美洲等一些国家也开始了生态农业理论研究和实践试验。
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