主题曲《海鸥飞处彩云飞》由琼瑶作词，刚泽斌作曲，关艾演唱。歌词描绘了海鸥与彩云之间的深情纠葛，海鸥独自翱翔，彩云则执着地追随，表达了无论彼此飞向何处，都愿化身为对方的永恒陪伴。
片尾曲《彩云伴海鸥》同样由琼瑶创作，高胜美演唱，歌词通过询问海鸥和彩云的内心需求，传递出对永恒爱情的向往。让彩云与海鸥一起飞翔，象征着无尽的爱恋与追寻。
插曲如《海鸥的家》和《我是一片彩云》展现了海鸥的漂泊不定和彩云的渴望归宿，通过飘荡的旋律，表达寻找归属的情感。另一首《娜奴娃情歌》则以深情的旋律和歌词，传递出对爱情的坚定与执着。
《彩云飞》和《海鸥飞翔》两首歌继续深化主题，通过问彩云、追寻、相守等词句，表达出对爱情的期待和坚守。《海鸥飞处》再次以海鸥与潮水的互动，唤起人们对远方和梦想的向往。
1988年《在水一方》的低收视率给了琼瑶一个严重的打击，因此，琼瑶不得不改变电视剧的改编方式，不再单纯地将她的一部小说直接改编成电视剧。这一次，琼瑶将她的两部小说《彩云飞》和《海鸥飞处》中的人物和故事情节揉合在了一起，于是，就有了这部再创收视高峰的《海鸥飞处彩云飞》。