分子晶体是由分子通过分子间的作用力结合而形成的晶体。分子间的作用力不属于化学键比化学键要弱的多。氢键是一种特殊分子间的作用力，但比分子间作用力要强。
分子晶体的三态转化过程中需要破坏分子间的作用力，分子内部的作用力不被破坏，因此熔点、沸点受分子间作用力大小影响，分子间作用力越强，熔沸点越高。若分子间有氢键，氢键比分子间作用力要强，三态转化过程需要破坏更大的作用力，则比同类晶体熔沸点要高。例如：HF > HI > HBr > HCl。因此，分子间氢键增大物质熔沸点。
组成和结构不相似的物质，分子极性越大，其熔沸点越高，若分子内形成氢键，会减小分子的极性，从而降低物质熔沸点。