二者登记注册的依据不同；取得方式不同；权利特征和内容不同。公司名称和商标名称是不一样的。二者都是运用于生产经营活动的区别标志，都是通过法律赋予专用权的办法达到保证商品和服务的质量、维护企业信誉、保护 消费者利益 的目的。
《企业名称登记管理规定》第三条 企业名称在企业申请登记时，由企业名称的登记主管机关核定。企业名称经核准登记注册后方可使用，在规定的范围内享有专用权。 《企业名称登记管理规定》第二十六条 违反本规定的下列行为，由登记主管机关区别情节，予以处罚： （一）使用未经核准登记注册的企业名称从事生产经营活动的，责令停止经营活动，没收非法所得或者处以2000元以上、2万元以下罚款，情节严重的，可以并处； （二）擅自改变企业名称的，予以警告或者处以1000元以上、1万元以下罚款，并限期办理变更登记； （三）擅自转让或者出租自己的企业名称的，没收非法所得并处以1000元以上、1万元以下罚款。