吉林财经大学管理科学与信息工程学院拥有多个特色鲜明的系部，涵盖了计算机科学、信息管理与信息系统、电子商务等多个专业领域。
计算机科学与技术专业: 创建于2003年，致力于金融信息化方向的发展，注重计算机科学与经济管理的交叉融合，培养具有金融知识和计算机技能的复合型人才。师资力量雄厚，现有教授2人，副教授6人，讲师6人，硕士生导师3人，博士及在读博士共11人。
信息管理与信息系统: 1993年开始招生，设有信息科学与管理工程研究方向，正在积极申请二级学科硕士学位授予权。师资队伍理论基础扎实，8名教师中，博士及在读博士占比超过87.5%。
电子商务专业: 2003年开始招生，注重技术与商务的结合，培养能在电子商务领域进行系统设计与管理的高层次应用型人才。专任教师中有1名教授，4名副教授，博士学历占比50%。
计算机基础部: 成立于2001年，负责全校非计算机专业本科生的计算机基础教学，教研团队年轻且结构合理，注重实践教学与无纸化考试的探索。
各系部均在科研和人才培养方面取得显著成果，如计算机专业教师发表论文众多，信息系在科研项目和精品课程上有所建树，电子商务系毕业生就业率高，考取研究生率和公务员比例也显示出良好的教育质量。