为深入贯彻党的十八大和十八届二中、三中、四中全会精神，落实创新驱动发展战略，按照深化科技体制改革、财税体制改革的总体要求和《中共中央 国务院关于深化科技体制改革 加快国家创新体系建设的意见》（中发〔2012〕6号）、《国务院关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》（国发〔2014〕11号）的精神，科技部、财政部在充分征求各有关部门（单位）和专家意见的基础上，联合制定了《关于深化中央财政科技计划（专项、基金等）管理改革的方案》（以下简称《改革方案》），已经党中央、国务院批准，2014年12月3日正式印发。 建立公开统一的国家科技管理平台，是本次科技计划管理改革的亮点。各政府部门通过统一的科技管理平台，构建决策、咨询、执行、评价、监管等各环节职责清晰、协调衔接的新管理体系。具体内容包括：联席会议制度（一个决策平台）,专业机构、战略咨询与综合评审委员会、统一的评估和监管机制（三大运行支柱），国家科技管理信息系统（一套管理系统）。
联席会议制度由科技行政主管部门牵头，财政、发展改革等相关部门参加，充分发挥各部门的作用，形成统筹协调与决策机制。联席会议是实现对科技计划（专项、基金等）统一管理的关键。其主要作用体现在：首先是形成相关各方的合力，科技行政主管部门与相关行业主管部门和地方加强沟通协调，围绕国家科技发展重大战略任务、行业和区域发展需要，研究凝练形成科研任务需求，经联席会议充分讨论后按程序确定，相关各方在科研任务组织实施过程中及时跟进，产生的科技成果在行业和区域内应用示范。其次是建立共同参与、共同决策的议事机制，联席会议由各相关部门共同组成，共同审议科技发展战略规划、科技计划（专项、基金等）的布局与设置、重点任务和指南、战略咨询与综合评审委员会的组成、专业机构的遴选择优等事项。第三是形成统一的决策程序，一般事项经联席会议议定后即可实施；重大事项需经国家科技体制改革与创新体系建设领导小组审议，按程序报国务院，特别重大事项报党中央，确保科技计划（专项、基金等）的实施符合国家重大战略需求。
政府职能转变，从项目的日常管理和资金的具体分配中解放出来后，将依托专业机构具体管理项目。对专业机构的遴选：主要是对现有具备条件的科研管理类事业单位进行改造，形成若干符合要求的规范化的项目管理专业机构，并鼓励具备条件的社会化科技服务机构参与竞争，推进专业机构的市场化和社会化。专业机构的任务是：通过统一的国家科技管理信息系统受理各方面提出的项目申请，组织项目评审、立项、过程管理和结题验收等，对实现任务目标负责。
《改革方案》首次提出在国家层面设立战略咨询与综合评审委员会，充分体现了科学决策、民主决策的原则。委员会的组成具有代表性，不仅有科技界的专家，也有产业界和经济界的专家，反映各方面对科技创新的需求。委员会要有战略高度，跟踪国际科技发展和产业变革趋势，对科技发展战略、规划、重大任务和重大科技创新方向的选择等方面提出咨询意见，为联席会议提供决策参考。另外，委员会对制定统一的项目评审规则、建设国家科技项目评审专家库、规范专业机构的项目评审等工作也要提出意见和建议，还可以接受联席会议委托，对特别重大的科技项目组织开展评审。
政府部门在简政放权的同时，将进一步加强对科技计划（专项、基金等）的实施绩效等组织评估评价和监督检查。具体举措包括：科技行政主管部门和财政部门对科技计划（专项、基金等）的实施绩效、战略咨询与综合评审委员会和专业机构的履职尽责情况等统一组织评估评价和监督检查，并根据结果提出动态调整意见，经联席会议审议后按程序报批；完善科研信用体系建设和“黑名单”制度，建立对主管部门和专业机构工作人员的责任倒查机制，开展“一案双查”，即在查处追究有关承担单位和个人责任的同时，倒查主管部门和专业机构是否存在管理漏洞，是否有工作人员在项目管理中存在渎职或以权谋私等行为；各有关主管部门要负起责任，对所属单位承担科技计划（专项、基金等）任务的执行情况和资金使用情况加强日常监管；加强对科技计划（专项、基金等）财政资金管理使用的审计监督，对发现的违规违法行为严肃查处，并将查处结果向社会公开。
《改革方案》明确要求，要通过统一的国家科技管理信息系统，对中央财政科技计划（专项、基金等）的需求征集、指南发布、项目申报、立项和预算安排、监督检查、结题验收等全过程进行信息管理，并按相关规定主动向社会公开信息，接受公众监督，让资金在阳光下运行。分散在各相关部门、尚未纳入国家科技管理信息系统的项目信息要尽快纳入，已结题的项目要及时纳入统一的国家科技报告系统。不纳入国家科技管理信息系统和国家科技报告系统并向社会公开的，中央财政将不予以资助。 在对我国现有科技计划（专项、基金等）的实施和管理情况进行深入调研的基础上，根据新科技革命发展趋势、国家战略需求、政府科技管理职能和科技创新规律，《改革方案》提出优化中央财政科技计划（专项、基金等）布局，整合形成五类科技计划（专项、基金等）。
一是国家自然科学基金。资助基础研究和科学前沿探索，支持人才和团队建设，增强源头创新能力。进一步完善管理，加大资助力度，向国家重点研究领域输送创新知识和人才团队；加强基金与其他类科技计划的有效对接。二是国家科技重大专项。聚焦国家重大战略产品和产业化目标，解决“卡脖子”问题。进一步改革创新组织推进机制和管理模式，突出重大战略产品和产业化目标，控制专项数量，与其他科技计划（专项、基金等）加强分工与衔接，避免重复投入。三是国家重点研发计划。针对事关国计民生的重大社会公益性研究，以及事关产业核心竞争力、整体自主创新能力和国家安全的重大科学技术问题，突破国民经济和社会发展主要领域的技术瓶颈。将科技部管理的国家重点基础研究发展计划、国家高技术研究发展计划、国家科技支撑计划、国际科技合作与交流专项，发改委、工信部共同管理的产业技术研究与开发资金，农业部、卫计委等13个部门管理的公益性行业科研专项等，整合形成一个国家重点研发计划。当前，从“科学”到“技术”到“市场”演进周期大为缩短、各研发阶段边界模糊，技术更新和成果转化更加快捷。为适应这一新技术革命和产业变革的特征，新设立的国家重点研发计划，着力改变现有科技计划按不同研发阶段设置和部署的做法，按照基础前沿、重大共性关键技术到应用示范进行全链条设计，一体化组织实施。该计划下，将根据国民经济与社会发展的重大需求和科技发展优先领域，凝练设立一批重点专项，瞄准国民经济和社会发展各主要领域的重大、核心、关键科技问题，组织产学研优势力量协同攻关，提出整体解决方案。四是技术创新引导专项（基金）。按照企业技术创新活动不同阶段的需求，对发改委、财政部管理的新兴产业创投基金，科技部管理的政策引导类计划、科技成果转化引导基金，财政部、科技部等四部委共同管理的中小企业发展专项资金中支持科技创新的部分，以及其他引导支持企业技术创新的专项资金（基金）进行分类整合。现阶段，我国企业的创新能力依然薄弱，尚未真正成为创新决策、研发投入、科研组织和成果应用的主体，政府应当充分发挥市场配置技术创新资源的决定性作用，通过技术创新引导专项（基金），采用天使投资、创业投资、风险补偿、后补助等引导性支持方式，激励企业加大自身科技投入，促进科技成果转移转化，不断提高企业技术创新能力。五是基地和人才专项。对科技部管理的国家（重点）实验室、国家工程技术研究中心、科技基础条件平台、创新人才推进计划，发改委管理的国家工程实验室、国家工程研究中心、国家认定企业技术中心等合理归并，进一步优化布局，按功能定位分类整合。加强相关人才计划的顶层设计和相互衔接。在此基础上调整相关财政专项资金。基地和人才是科研活动的重要保障，相关专项要支持科研基地建设和创新人才、优秀团队的科研活动，促进科技资源开放共享。整合形成的新五类科技计划（专项、基金等）既有各自的支持重点和各具特色的管理方式；又彼此互为补充，通过统一的国家科技管理平台，建立跨计划协调机制和评估监管机制，确保五类科技计划（专项、基金等）形成整体，既聚焦重点，又避免交叉重复。
将按照上述五类新科技计划体系对所有实行公开竞争方式的中央财政科技计划（专项、基金等）进行优化整合，不包括哲学社会科学和对中央级科研机构、高等院校等实行稳定支持的专项。 本次科技计划（专项、基金等）优化整合工作将按照整体设计、试点先行、逐步推进的原则开展，具体进度安排为：2014年，启动国家科技管理平台建设，对部分具备条件的科技计划（专项、基金等）进行优化整合；启动重点专项试点，按照新的管理体制和运行机制选择5-10个重点专项进行试点，并在2015年财政预算中体现；同时，开展有关制度建设和基础性工作，着手组建战略咨询与综合评审委员会，开展科研信用体系建设和评审专家库建设，初步建成中央财政科研项目数据库和科技报告系统。
2015-2016年，基本建成公开统一的国家科技管理平台，基本完成各类科技计划（专项、基金等）的优化整合，实现科技计划（专项、基金等）安排和预算配置的统筹协调。初步完成国家重点研发计划下设重点专项的布局，并据此编制发布2016年项目指南，按新机制组织2016年新立项目实施；同时，为确保管理改革与现有工作的有序衔接，在研项目（课题）可继续按照现有科技计划（专项、基金等）的经费渠道和管理方式组织实施。初步完成相关制度建设和基础性工作，发布联席会议议事规则、战略咨询与综合评审委员会工作规则、专业机构遴选办法、专业机构资质能力评价标准、科技计划评估和监管机制工作方案、科技计划重点专项设立规则和动态调整工作规则、有关科技计划和资金管理办法等，完善中央财政科研项目数据库和科技报告系统。
2017年，经过三年的改革过渡期，全面按照优化整合后的五类科技计划（专项、基金等）运行，现有各类科技计划（专项、基金等）经费渠道将不再保留。同时，进一步完善国家科技管理平台建设，完善科技计划（专项、基金等）和资金管理制度等各项科技管理制度，营造良好的创新环境。
