1989年在国家机关机构改革中，国务院赋予地质矿产部四项基本职能，其中之一是对地质环境进行监测、评价和监督管理。原来的水文地质工程地质司更名为地质环境管理司，首次把地质环境管理作为政府的一项职能列入工作日程。20世纪80年代末和90年代初，针对地质环境管理，地质矿产部初步建立了地下水资源和地质环境管理的法规体系、地质环境执法的行政管理体系、全国地下水和地质环境监测体系、全国地下水和地质环境管理监测的信息体系。1998年国务院机构改革时组建了国土资源部，地质环境管理的职能依然保留。按照政府的行政职能要求，地质环境管理包括以下工作内容:制订地质环境调查、监测与治理规划;制定相关的行政法规与制度，依法保护地质环境;提供公共服务，使公众及时了解地质环境状况。
目前，我国地质环境管理法规体系不健全，对重大建设工程、城市规划等重要的经济活动缺乏地质环境方面的约束，难以有效地实施地质环境管理。直到2004年3月，国务院发布了《地质灾害防治条例》，才改变了过去地质灾害防治灾害无法可依的局面。但是，在地质环境保护的其他方面，如矿山地质环境保护管理、地质环境监测等的法规建设亟待建立和完善。
地质环境管理工作涉及方方面面，涉及的部门包括国土资源部门、水利部门、环保部门、建设部门、农业部门和林业部门等，各个部门仅对某些地质环境要素实施管理，而不能从整体上管理地质环境，从而造成地质环境管理体制不顺，职责交叉不清，严重影响了地质环境管理工作。例如，目前华北平原的地面沉降与地裂缝问题，主要是由地下水资源的过量开采造成的。由于水资源开发由水利部门统一管理，地质环境保护由国土资源部门管理，地下水过量开采引发的地质环境问题涉及两个部门，在实际管理中两部门职责出现交叉。如何明确界定和有效衔接不同部门的地质环境管理职能，成为当前亟须解决的问题。