港航管理局的职能如下
(一）贯彻执行有关港口、航运工作的法律、法规、规章和方针、政策。
（二）根据国家和地方对港口发展的战略要求和本市城市总体规划。
（三）负责属于地方政府管理权限的国际海上运输、沿海运输和长江运输的行业管理工作。
（四）负责上海港口和水运的行业管理工作。
（五）负责上海港口公用基础设施、内河航道的规划和管理工作。
（六）负责对上海港口和内河航道建设市场秩序进行监管。
（七）负责协调国家重点物资和紧急、特种物资以及军事、抢险救灾物资的水路运输。
（八）负责征缴、代征国家和上海市规定的涉及港口和航运的有关规费及其他费收。
（九）负责国内外船舶进出上海港引航的有关管理和监督工作。
（十）负责港口和水运从业人员的技术、业务培训、考核和发证的管理工作。
（十一）负责有关行政复议受理和行政诉讼应诉工作。
（十二）承办市政府交办的其他事项。
一）贯彻执行有关港口、航运工作的法律、法规、规章和方针、政策；结合本市实际，研究起草港口和航运工作的地方性法规、规章草案和政策，制定港章，并组织实施有关法规、规章和政策。
（二）根据国家和地方对港口发展的战略要求和本市城市总体规划，编制上海港口（含洋山新港区）的总体规划；依据有关法律、法规和规章的规定，对港口的岸线、陆域、水域实施行政管理。
（三）负责属于地方政府管理权限的国际海上运输、沿海运输和长江运输的行业管理工作；负责沿海、国际航线的备案受理工作；组织、指导并监督港口水运行业的行政执法管理工作。
（四）负责上海港口和水运的行业管理工作；对上海港口的水陆运输的经营秩序、安全生产，以及所辖通航水域的卫生防疫、环境保护等实施监督和管理；对上海口岸内属于地方政府管理权限的海事、航道等依法实施管理；组织处置辖区内重大突发事件、重大灾害事故和重大服务供应事故。
（五）负责上海港口公用基础设施、内河航道的规划和管理工作；按照国家规定的基本建设程序、权限，负责内河航道建设立项和管理工作；负责协调推进港口和水运的科学技术工作。
（六）负责对上海港口和内河航道建设市场秩序进行监管，对港口和内河航道建设项目的工程质量、安全实施监督。
（七）负责协调国家重点物资和紧急、特种物资以及军事、抢险救灾物资的水路运输；负责划定和审核上海港口危险货物作业泊位、库场的区域，并实施监督。
（八）负责征缴、代征国家和上海市规定的涉及港口和航运的有关规费及其他费收；会同有关部门对上海港口和水路运输企业经营性收费项目和价格，实施监督和管理。
（九）负责国内外船舶进出上海港引航的有关管理和监督工作；负责上海港与国内外港口的合作、技术交流及重大涉外活动等工作；
（十）负责港口和水运从业人员的技术、业务培训、考核和发证的管理工作；负责上海港口和水运的信息汇总、统计和管理工作。
（十一）负责有关行政复议受理和行政诉讼应诉工作。
（十二）承办市政府交办的其他事项。
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