法律分析：1、可以去工程所在地或被告所在地人民法院起诉，管辖法院应该是区或者县人民法院。
2、拖欠工程款属于民事纠纷，清欠办只负责农民工工资，所以应该在应付工程款之日起两年内到法院起诉。凭借欠条可以直接起诉建设单位，但是应当尽可能提供施工合同，竣工结算文件。
3、起诉时尽量申请财产保全，查封被告名下账户，可以保障案件判决的顺利执行。
法律依据：《中华人民共和国民法典》 第八百零七条 发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除根据建设工程的性质不宜折价、拍卖外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以请求人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。