主要区别有，科目分类不同、形态特征不同、生活习性不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、蟒蛇
别称蟒、王蛇、蚺蛇、南蛇、埋头蛇、王字蛇、琴蛇等。属蛇目、蟒科、蟒属、蟒蛇种。
2、森蚺
中文学名绿森蚺，别称森蚺、绿水蟒。属有鳞目 、蚺科、水蚺属、森蚺种。
二、形态特征不同
1、蟒蛇
体长常见的3-5米。头小，吻端较平扁，吻鳞宽大于高，背面可见，鼻孔位于鼻鳞两侧，头颈部背面有一暗棕色矛形斑，头侧有一条黑色纵斑从鼻孔开始，经眼前鳞、眼斜向口角。眼下亦有一黑纹向后斜向唇缘，下唇鳞略有黑褐斑，头部腹面黄白色，体背棕褐色、灰褐色或黄色，体背及两侧均有大块镶黑边云豹状斑纹，体腹黄白色。
2、森蚺
亚马逊森蚺(是当今世界上最大的蛇，最长可达6米，重达二百二十五公斤，粗如成年男子的躯干，但森蚺长度一般在五米半以下。森蚺的嘴巴上下可张到180度左右，4排牙齿可以独立活动，没有下巴，上腭中间的2排牙齿可以上下游动，有利于吞噬猎物，它的蛇皮可以拉伸，因此可以吞下比自己体型还大的猎物。森蚺的舌头是化学物探测器，鳞片可以感知猎物是否有动，眼睛是热能感应器，它们的气管在喉咙处，在吞噬猎物时，它们的气管是在外面的，所以不必担心气管堵塞。
三、生活习性不同
1、蟒蛇
栖居于热带、亚热带低山丛林中，需要常绿阔叶林或常绿阔叶藤本灌木丛，以及良好的洞穴供休息及隐蔽。善攀援，可长期生活在水中，嗜昏睡，夜行性。杂食性，捕食时常慢慢爬行接近猎物，迅速咬住后用身体缠绕致死，并压扁成长条形，然后分泌唾液，使食物润滑吞食。可吃10-15千克重的山羊、鹿、麂、猪等动物，常食鼠类、鸟类、爬行类及两栖类。
2、森蚺
森蚺栖息沼泽、湿地与宁静的河川中，主要位于亚马逊河与奥里诺科河流域的热带丛林。森蚺在陆地上移动迟缓，但是在水中则十分迅速敏捷。森蚺的眼睛与鼻位于头部前方，可以让它们的身体在猎捕猎物时几乎完全浸在水中。 因为经常在水中活动，森蚺的食物种类相当多元，包括鱼类、鸟类、许多哺乳类与爬虫类。许多大型哺乳类与爬虫类也是森蚺猎食的对象，包括水豚、貘、鹿与凯门鳄等。
参考资料来源：百度百科-蟒蛇
参考资料来源：百度百科-绿森蚺
参考资料来源：百度百科-森蚺
参考资料来源：百度百科-亚马逊巨蟒