民间借贷纠纷撤诉后法院不会留案底。民间借贷不是属于的刑事案件，所以法院不会判决罪名不会有案底存在的。案底是指某人过去犯法或犯罪行为的记录，多存在于刑事案件中，又称为前科。个人的刑事犯罪记录，存于当地或上至国家级的档案中，是自然人的历史另类表现。
《民事诉讼法》第一百二十三条 人民法院应当保障当事人依照法律规定享有的起诉权利。对符合本法第一百一十九条的起诉，必须受理。符合起诉条件的，应当在七日内立案，并通知当事人；不符合起诉条件的，应当在七日内作出裁定书，不予受理；原告对裁定不服的，可以提起上诉。