对于财政补助收入的事业单位，其财政补助资金的使用有明确的规定。这些资金必须按照预先设定的用途使用，不得擅自改变其用途，确保资金专款专用。事业单位的事业支出需要根据多种收入来源进行统筹，包括财政补助收入、上级补助收入、事业收入和其他收入。这些收入一般不应用于经营性支出，除非是经营活动的事业单位，需要正确划分事业支出和经营支出，确保资金使用得当。
在支出管理上，事业单位应注重人员经费与公用经费的比例优化，严格控制编制，避免超编现象。同时，要严格执行国家对工资、津贴、补贴和职工福利待遇的规定，以实现人员经费支出的合理控制，提高公用经费的使用效率。在具体开支上，例如发给个人的工资、补贴等需有签收凭证，办公用品可直接列报，材料领用时记录，社会保障费和工会经费按月提取并直接支出，固定资产修购基金和购置需经验收后列报。
为了进一步加强支出管理，一些科学事业单位可以根据实际需要实行内部成本管理办法，这是一种强化内部管理、反映财务状况和事业成果的非全面成本核算。各事业单位可以根据自身业务特点制定出详细的成本核算办法，将成本费用与事业支出科目对应，确保各项支出按其用途准确归类，例如，将一级科目分为直接费用、管理费用等，二级科目则细化为工资、福利费、设备购置费等。
事业单位支出（expenditure of non-profit organization）