几经战乱和时代的变迁，莫高窟几经沧桑和风雨，人们在这里留下了珍贵的文物和经卷，默默地静躺几千年。直到清朝末年的一天，一名姓王的道士来到了这里。为了创收，他便私自将这些宝物兜售出去。当时的清政府对宝贵的经卷态度漠然，认为那不过是一堆废纸。英国考古学家斯坦因和法国考古学家伯希和等在内的西方人，在经过王道士的手，窃取藏经洞文物和经卷。其中，斯坦因两次从莫高窟掠夺的文物，包括150多卷丝织品，500余幅绘画，6500多卷各种写本、印本、图书以及经卷。另外，法国考古学家伯希和窃取了一万多件最为精华的敦煌文书。
1920～1921年间，苏联十月革命后在国内战争中失败的数百名沙俄白匪在陆军少校阿连阔夫的带领下，逃窜出国，越过边界，从新疆逃到中国后被拘留。最终被安置在莫高窟长达半年之久。匪军在绝望潦倒中，洞窟壁画就成了他们恣意发泄的对象。他们不仅在壁画上乱涂乱抹，他们在洞窟角落生火做饭，不少壁画被油烟熏黑污损。
莫高窟留下了许多残缺的壁画，让人扼腕叹息，愤恨，同时又让慕名而来的游客惊艳。历史上的莫高窟一直命途多舛，屡逢浩劫。它在沉寂在荒凉的沙漠中，无人问津，也曾在大漠黄沙之下被人遗忘了近千年。
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