对“百慕大三角”的解释可归纳为如下几类：
第一类观点：这些失踪是由于超自然的原因造成的，联想到是否是外星人的飞碟在作怪。
第二类观点：这是自然原因造成的，如地磁异常（磁场引发）、洋底空洞，甚至还有人提出泡沫说、晴空湍流说、水桥说、黑洞说等等看法，用一些奇异自然现象来解释百慕大三角。
有些科学家认为，船舶通过百慕大三角海区时之所以会突然失踪，这可能是由于这个海区存在着某种威力无比的神奇的漩涡。
百慕大三角海区正是令人惊异而又著名的马尾藻海的所在，在水动力上，马尾藻海是热能聚存的场所。这个海周围的海流复杂，它的边界不是陆地，而是由大西洋的几个洋流（墨西哥湾流、加那利寒流和北赤道暖流）结合的逆时针环流构成。美国有一位研究漩涡的学者认为，漩涡旋转的方向与地球自转有关系，北半球的漩涡方向是逆时针方向。墨西哥湾暖流经佛罗里达海峡，在百慕大三角海区汇合了几股流向不同的小股海流，形成巨大海流，对船舶航行是一种极不利因素。据说，25米的大海浪就能把大型的船舶折为两截，能吞噬猝不及防的船只。但是，一些国家的气象学家却反驳：“不会发生那样像妖魔似的大海浪，更不可能把一艘成千吨甚至几万吨的大船打到海底而不遗任何痕迹。除非是某种神秘而强有力的东西把它们拖到海底。”
有些学者认为，百慕大三角海区可能存在着两股或更多股反向奔流的水流，形成了界面水质密度不同的现象，这就是所谓“内在波涛”，在潮汐返流的过程中，使海水产生了漩涡震流，表现为一种大尺度垂直挠动的涡漩。
有些学者认为，在从波多黎各吹来的强大北风和海洋深处汹涌波涛的作用下，有时可能发生高达数千米的“内在瀑布”和逐渐下降的巨大水流，这种“内在瀑布”在海面上几乎是不现形迹的，因此，人们从海洋的外表无法看到这种“内在瀑布”。但在一定的条件下，质量巨大的液体在下降时会达到极高的速度，有时旋转速度可达到0．5米/秒，这样就会形成直径150～200千米、深500米的巨大漩涡。这种漩涡足可以使巨型船舰葬身海底。其次，大安的列斯群岛常遭可怕的飓风袭击，这些飓风就是从百慕大三角海区方向袭来的。飓风掀起巨浪，常会形成十多米高的水墙，这里有时还可遇到海龙卷，甚至能把海水吸到几百米或几千米的高空。如果航行于百慕大三角区的船舰和飞机，遇上这些可怕的奇异现象，那就逃脱不了粉身碎骨的命运。
据1984年5月6日《澳门日报》发表的文章报道，国外有一位研究漩涡的学者认为，一个中尺度的漩涡，等于是一个凹面镜，太阳光照射在漩涡（凹面镜）中，聚光焦点就能产生很高的温度。他做了一次试验，把一种强光以60°～75°的入射角，入射到模拟的漩涡中，结果使这个漩涡（它如同一个凹面镜）的聚光焦点能点燃一张薄纸片。他根据这次试验的结果，从而断言：百慕大三角海区有许许多多的巨大漩涡，就是许许多多的巨大“凹面镜”。太阳光的入射角在60°～75°。时，照射在一个直径1千米的漩涡中，则聚光焦点的直径就有一米左右，温度可达几万度。这么高的温度足可以使飞机、船舰顷刻间熔化或爆炸。漩涡的直径越大，其聚光焦点的温度也就越高。夜晚，没有太阳光，漩涡虽然无法聚光，但由于巨大漩涡的旋转速度极快，必然引起电磁场扰动，进而引起磁罗盘和其他的航海仪表失常，使飞机、船舰失控而葬身海底。
1992年，由美国、前苏联和法国科学家组成的调查《百慕大神秘三角》之谜的小组，利用在太空运行的人造卫星进行侦察。根据激光扫描的照片发现，在这个三角地区有一个威力无穷的巨型湍流漩涡。领导这个调查小组的首席科学家阿科尔博士表示，这个巨型漩涡出现时只不过3秒钟，但其威力无穷。它的吸引力之强，比地球上任何飓风、大地震或火山爆发的威力都强得多，与月球影响地球潮汐的万有引力相比也毫不逊色，它可以影响月球上的天气。这个巨大的漩涡出现时，飘忽不定，难以测摸，要在大西洋寻找到它，如同大海捞针。当突如其来的巨大漩涡出现时，所向披靡，海上的舰船，九霄云空的飞机，都将被卷入海底，造成机、船失踪。这一发现，为漩涡说提供了现实依据。
拉里·库舍（Kusche）是亚利桑那州立大学的一名图书馆管理员，在19号航班事件发生时，不少学生向他查找百慕大三角的资料，令他大惑不解，于是联同亚利桑那州立大学，着手研究先前的报告。Kusche的研究显示，不论是贝立兹的记述，还是目击者、参与者、涉案者等众多人的陈述，都有许多错误、矛盾，他还注意到，案件的相关资料没有记述。1975年，拉里·库舍得出了一个完全不同的结论。库舍决定调查这些文章和书籍提出的主张。他找到了一本自己曾经发表过的名为《百慕大三角之谜——已解》的书。库舍仔细研究了那些被其他作者所忽视的记录。他发现，许多异常事件根本就不奇怪、每当有记录一场狂风暴雨将要来临的时候，追踪百慕大三角现象的作家便常常能记录到有船只或者飞机会在“平静的海域”消失。船虽然“神秘地消失”了，可事实上却找到了它们的残骸和其沉没的原因。此书被美国海岸警备队、伦敦劳埃德保险公司和许多权威学术机构认为是解释百慕大三角神秘现象的定论。在这本书中，库舍列举了十条结论：
一、在找到了足够的资料以后，大多数的事故都能有合理的解释，并不神秘。比如，有的是因为遇到了飓风，有的是船体结构本身有缺陷又遇到坏天气，这些在事后的调查报告中都有结论。
二、在一些传说的“事故”中，关键的细节，甚至整个事故，都是虚构的。
三、一些明显发生在别处的事故也被算进了百慕大三角之中，最著名的是1902年发生在太平洋的一起海难和1951年发生在爱尔兰的一起空难，都被当成了发生在百慕大三角的事故。如果我们根据持神秘现象观点者所提到的百慕大三角事故划定百慕大三角，它将包括加勒比海、墨西哥湾和北大西洋的无比广阔的海域。船只、飞机失踪是全球各地到处发生的，比如，自1850年以来，在美国新英格兰地区和北欧之间，有近两百艘、架船只、飞机失踪或被遗弃。事实上百慕大三角的失踪现象并不突出。
四、有一些失踪的船只的航线经过了百慕大三角，但是我们并不知道它们是否是在那里失踪的。
五、在许多事例中，船只或飞机的失踪地几乎完全未知，搜寻者不得不被要求寻找广阔的海域。
六、许多事故在发生的时候，当时的人并不认为有神秘之处，但在许多年后，持神秘现象观点者在寻找证据时，却开始把它们也算入了神秘事故。这时候要再去完全搞清楚发生在多年前的事故的详情，一般是很困难的。
七、与传说的相反，在许多事故发生的时候，天气都非常恶劣。在几起事故中，飓风应承担责任。
八、许多事故发生在下午或晚上，使得援救人员要等到第二天早上才能看清现场，因此大海有整夜的时间破坏现场，难以找到残骸。
九、许多作者在介绍事故时，并未做原始的调查，而只是引用别的作者的文章，因此以讹传讹，越传越离谱。
十、在介绍某些事故时，那些持神秘现象观点的人隐瞒了那些能对失踪有明显的解释的重要细节。
