肯定是填写总公司的，因为查的时候是查你的社保在那。
在社保的公司报考。报考一建的人员必须要有单位缴纳的社保，不接受个人缴纳社保（农保）人员报考，正在缴纳社保的单位跟报名系统内填写的现工作单位必须一致。所有报考人员都必须准备好单位社保缴费记录单证明（社保中心盖章有效）备查，社保缴费记录单上要显示有工作单位及缴纳年度。其中对于工作年限刚超过一建报考年限要求的新考生（一般为1987年后出生）现场资格审核须同时提供满报考年限的单位社保缴费记录单证明。资格审核现场如对其他考生工作单位、是否从事建设工程施工管理岗位及工作年限等有疑义的，考生同样需根据审核意见及时核补满工作年限的单位社保缴费记录单证明、劳务合同、法人资质、工程师职称、建筑行业五大员证之一等证明材料。严禁非施工管理企业人员报考一建。