法律分析：农村自建房有房产证，根据我国法律规定，房屋这类财产只有办理了登记，领取了房产证，才能证明你是真正的房屋所有人。因此，农村建房也是有房产证的。农村办理房产证，首先需要满足一定的条件。由于农村建房的宅基地需要通过审批，因此，农村房屋房产证的办理不同于城市房屋的先买房后办证。而是需要先提出申请，通过审批后，才可以建房并领取房产证。
法律依据：《民法典》第二百零九条 不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力;未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。