南京国民政府建立后，抛弃孙中山三大革命政策，发出：《秘字第一号命令》，通缉共产党首要，继续“清党”，成为一个代表大地主大资产阶级利益的政府。1927年7月15日，以汪精卫为首的武汉国民政府宣布正式与共产党决裂，制造七一五政变。随后，汪精卫即表示愿意与南京国民政府“和平统一”，时值蒋介石宣布下野，终促成宁汉合流。1928年2月3～7日，国民党二届四中全会在南京召开，会议通过了改组国民政府等议案。规定国民政府受国民党中央执行委员会指导、监督，掌理全国政务，政府委员由国民党中央委员会选举，政府部门设有内政、外交、财政、交通、司法、农矿、工商等部以及军事委员会、最高法院、监察院、大学院等。会议推举谭延闿为国民政府主席，蒋介石为军事委员会主席兼国民革命军总司令。 国民革命军在白崇禧指挥下，占领平津，进抵滦河流域，奉军退至关外，北伐胜利。
1928年9月，国民党二届五中全会在南京召开，宣称全国进入训政时期，由国民政府执行训政职责，并决定以五院制组成国民政府。10月，南京国民政府公布《中华民国国民政府组织法》，规定国民政府总揽中华民国之治权，政府由行政院、立法院、司法院、考试院、监察院组成，设主席1人，委员10～12人，国民政府主席兼任陆海空军总司令。同时，任命蒋介石为国民政府主席兼陆海空军总司令。至此，南京国民政府的政权组织形式渐趋完备。6月20日新疆杨增新，7月19日热河汤玉麟，分别宣布易帜。12月29日，张学良在奉天宣布东北易帜，接受南京国民政府领导。31日，国民政府任命张学良为东北边防军司令长官。至此，南京国民政府成为得到国际承认、代表中国的合法的中央政府，实现了形式上的统一，北洋军阀势力完全退出历史舞台，但实际上各个地方军阀势力依旧盘根错节，心怀鬼胎，蠢蠢欲动。 1928年后，蒋介石历任国民政府主席兼陆海空三军司令、军事委员会委员长、国民党总裁、国防最高委员会委员长。 南京国民政府建立后，1931年12月15日，因九一八事变的舆论压力，蒋介石辞去国民政府主席职务，由林森继任。1932年一二八事变后，国民政府一度迁都洛阳。其间，国民党四届二中全会在洛阳召开，重新推举蒋介石为国民政府军事委员会委员长兼军事参谋部参谋长。1938年3月29日，蒋介石在武汉召开国民党临时全国代表大会。会议主要内容：一、制订和通过了《抗日建国纲领》；二、选举蒋介石为国民党总裁，汪精卫为副总裁；三、成立民国参政会；四、设立三民主义青年团和中央调查统计局。
1943年8月，林森在重庆病逝。同年9月，蒋介石被推选为国民政府主席兼陆海空军大元帅，并兼军事委员会委员长和行政院长，而且还是国民党总裁，实现了党政军一人独裁，11月开罗会议时，蒋介石的政治声望达到顶点。1940年代后期，国民党政府在大陆召开了两次“国大”，1946年的“国大”在近代史上叫“制宪国大”，1948年的“国大”叫“行宪国大”。蒋介石的“总统”和李宗仁的“副总统”职务就是在1948年的“行宪国大”上选出的。
