新旧欧洲分水岭：《威斯特伐利亚和约》与战争的影响
归还教产的敕令在大部分地区以1618年为准，此前已经掌握在诸侯手中的教产不用归还，而哈布斯堡世袭领地内的状况却有所不同：白山战役后安置于波希米亚的天主教新贵族保留其教产不动。“教产留置”的权力也扩展到了新教主教区。加尔文教派也获得了这个权力，但其他教派并没有。德国西部和南部的许多领地给予宗教少数派一定程度的容忍，但在奥地利只能信仰天主教。信仰的统一和维也纳的稳固统治使奥地利哈布斯堡家族的领地实力得到了增强。而《威斯特伐利亚和约》所建立起来的宗教边界直到二战引发的人口变动才遭到破坏。
和约标志着德意志在政教分离上迈出了重要的一步。很明显，当矛盾爆发时，宗教与政治利益并不总是一致的：比起严格坚持宗教信仰，封建领主和诸侯有时更热衷于抵抗帝王的野心。在之后欧洲发生的冲突中，对权力平衡的考虑比宗教上潜在的盟友或敌人更为重要。贪财的士兵无论如何都不会关心他们在为谁而战，他们只关心自己有没有报酬；而农民则完全不关心是谁的军队毁坏他们的庄稼、烧毁他们的房屋或强奸村里的女人。从更广泛的意义上来说，1648年也标志着宗教改革时代的结束。在各个领地中，随着权力的集中化和行政化，早前以宗教和文化来区分阵营的方式也变得不再重要了。
封建领主的权力大幅加强，包括进行单独结盟并独立行使外交权（所有联盟不可直接对抗皇帝的规定成为没有的条款）。领主们虽没有获得完全的自治权，但在领地内获得了至高的权力，并在帝国议会上有权对特定事务（国防、法律和税收）进行集体表决，皇帝不可干涉。特别是一些中等规模的领地得到了增强。巴伐利亚获得了选举投票权，这使得选帝侯中天主教占有了明显的优势，同时得到了上普法尔茨领地，预示着巴伐利亚的地位在17世纪将显著上升。勃兰登堡和萨克森邦国的实力也得到了增强。虽然三十年战争让哈布斯堡对波希米亚的控制变得更加牢固，更为强大的奥地利也能从其财富和资源中获益，但由于其他邦国的领地扩大、政治上也更为巩固，因此，哈布斯堡作为德意志皇室，其权威反而变得更加脆弱了。
对于人口减少的原因，历史学家们的解释也各不相同。最厉害的杀手毫无疑问是伤寒、瘟疫、性病等传染病，它们随着军队的移动而传播开来。由于当时的人们普遍营养不良、抵抗力低下，一些常见的疾病，如流感，可能更为致命。战争时期还有大量境内人口的迁移，比如农村居民为了寻求庇护，不时地往城镇逃跑。农村人口减少了大约45％—50%，而城市人口减少了25%—30%。战争对农业生产的影响也不可小觑。建筑物、牲畜遭到了毁坏，无报酬的军队四处掠夺，用于防止敌人军队利用土地的“焦土政策”，这一切都对本来就摇摇欲坠的自给经济造成了巨大的破坏。
德意志成了经济落后的地区，虽然经济的衰退从16世纪晚期早已开始，但由于三十年战争给德意志土地带来的破坏，经济衰退进一步加速了。
无论如何，三十年战争在德国历史上是一个重要的转折点，战争的历程和结果充分体现了德国政治的分裂特点。它还标志着神圣罗马帝国另一阶段的权力分散。其对德国经济和社会产生了巨大影响，不仅加剧了德国相较欧洲其他重要国家的经济衰落，而且为接下来几个世纪诸侯实力的增强、领地和城市实力的衰弱打下了基础。
专制时代的德国并非由独立的贵族或中产阶级控制，而是充满了中小规模的邦国、宫廷贵族和官僚机构。还有一点意外的是，此时的德意志文化中有一种普遍的丧失自信的感觉，经历了几代人的痛苦和不安之后，德意志人民需要复兴。