1960年5月23日,中共广州市委决定撤销中区和郊区,全市调整为东、南、西、北4个市中心区（人民公社）及成立黄埔、芳村、江村3个人民公社。同年7月，全部改为区级建制，黄埔人民公社随之改名为黄埔区人民委员会。这是黄埔第二次建立区级建制。1962年8月23日，市人民委员会将黄埔、江村、芳村3个区合并，成立广州市郊区人民委员会。
1973年2月28日经国务院批准，重新筹备成立黄埔区，当年11月13日成立广州市黄埔区革命委员会。1980年7月，黄埔区召开第一次人民代表大会，正式成立广州市黄埔区人民代表大会常委会和黄埔区人民政府。
1990年，黄埔区辖4个街道（黄埔、鱼珠、红山、夏港）、3个镇（南岗、大沙、长洲），16个行政村、59个居委会。
2000年，黄埔区辖4个街道、3个镇。总人口389413人，各街道、镇人口： 黄埔街道 45650 、红山街道 57570、 鱼珠街道 47002、夏港街道36036、大沙镇51137、南岗镇125034、长洲镇26984。现在有汉族、蒙古族、回族、藏族、维吾尔族、苗族、彝族、壮族、布依族、朝鲜族、满族、侗族、瑶族、白族、土家族、哈尼族、傣族、黎族、畲族、哈萨克族、俄罗斯族、鄂伦春族、高山族、水族、纳西族、土族、撒拉族、仡佬族、锡伯族、阿昌族、羌族、塔吉克族、京族等民族分布。（2000年人口普查） （根据第五次人口普查数据；单位：人）
2001年，黄埔区行政区划调整方案：撤销大沙、长洲、南岗3个镇，设置6个街道办事处。实施计划2002年5月前完成材料报批工作，8月前完成撤镇设街工作，调整后，黄埔区辖10个街道办事处。
2002年，黄埔区辖10个街道。
2005年4月28日，国务院批准（国函[2005]35号）：将黄埔区的夏港街道、荔联街道的笔岗居委会、穗东街道的东基和西基2个自然村划归萝岗区管辖。调整前，黄埔区面积121.7平方千米，人口21万（2003年）。
截至2005年12月31日，黄埔区辖9个街道（黄埔、红山、鱼珠、大沙、文冲、南岗、荔联、穗东、长洲）。
2014年2月12日，省政府将《国务院关于同意广东省调整广州市部分行政区划的批复》转发至广州市人民政府。国务院同意撤销广州市黄埔区、萝岗区，设立新的广州市黄埔区，以原黄埔区、萝岗区的行政区域为新的黄埔区的行政区域，黄埔区人民政府驻萝岗街道香雪三路1号； 现辖14个街道、1个镇：萝岗街道、夏港街道、联和街道、东区街道、永和街道、黄埔街道、红山街道、鱼珠街道、大沙街道、文冲街道、南岗街道、荔联街道、穗东街道、长洲街道、九龙镇。
