有以下区别：
按照一定标准对政府工作进行分解和分类，并以此为依据建立的负责政府某一方面事务的机构。主要有国务院所属工作部门和地方政府所属工作部门两大部分。
地方人民政府工作部门，在接受同级政府领导的同时，在业务上接受上级政府工作部门对口或对应机构的指导。政府各工作部门在同级政府的统一领导下工作，相互间具有配合、协调及一定的制约关系。
政府职能机构。在政府统一领导下，负责领导和管理某一方面行政事务并相对独立行使该方面国家行政权力的机关。它主要指政府组成机构和政府直属机构。
政府组成机构。政府职能机构的主体部分，是在对政府的总体职能进行基本划分的基础上，本着分工合理、职责明确、组织精干和提高效率的原则，由法律规定设置的。