一、表现不同：
1、生产协作：
是生产过程中各个有关劳动过程的相互协调和合作的一种生产组织形式。
2、投入产出联系：
是研究经济系统各个部分间表现为投入与产出的相互依存关系的经济数量方法。
二、部门不同：
1、生产协作：
生产协作可以是不同工序或车间之间，或相对独立的零部件工厂之间。
2、投入产出联系：
投入产出则是在上游中游下游部门之中的。
扩展资料
生产协作已成为发达商品经济条件下，社会再生产得以进行的必要条件。社会主义的生产协作是各协作单位之间平等互利，共同提高的合作。它有利于新技术的采用和推广，提高经营管理水平和经济效益，也有利于高、精、尖产品的攻关与发展。
投入产出表由投入表与产出表交叉而成的。前者反映各种产品的生产投入情况，包括中间投入、最初投入（初次分配）。
后者反映各种产品的使用去向情况，包括中间使用去向和最终使用去向。在投入产出表的基础上，可以建立相应的数学模型。例如，产品平衡模型、价值构成模型等，用以进行经济分析、政策模拟、计划论证和经济预测。
参考资料来源：百度百科-生产协作
参考资料来源：百度百科-投入-产出联系
如果企业之间有投入产出的联系，它们之间当然有生产协作关系。但是有生产协作关系的企业不仅仅是有投入与产出的联系。
工业生产协作化
工业内部各专业化企业和行业之间为了共同制造同一产品而建立的生产联系。它不同于一般的生产联系和物资供应，而是两个以上专业化企业之间，建立长期的、固定供应的生产联系。
工业生产协作的基本形式是：
产品协作。即产品专业化企业向其他企业提供产品的协作，如电机制造商向汽车厂提供发电机。
零部件协作。即零部件专业化企业向其他企业提供零部件的协作，如活塞环厂向拖拉机厂提供活塞环。
工艺协作。即工艺专业化企业向其他企业提供工艺加工的协作，如铸造厂向机器厂提供铸件。
辅助生产协作。即辅助专业化企业向其他企业提供辅助性生产服务，如设备维修厂为机器厂进行机器大修理。
还有因时间长短区分为固定协作和临时协作；因范围不同区分为部门内和部门之间，地区内和地区之间的协作。发展跨部门和跨地区的协作，以加强地区经济的联系和发挥中心城市的作用，是社会经济发展的必然趋势。工业生产专业化和协作化是密切联系和相互依存的。专业化是协作化的前提，协作化又是专业化发展的条件。协作化起着发挥专业化经济效益和推动社会生产力发展的作用。
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投入产出则是有上游中游下游部门之分的。