（1）提高土壤肥力。这是微生物肥料的主要功效，例如各种自生、联合或共生的固氮生物肥料，可以固定空气中的氮素，增加土壤中的含氮量；多种分解磷钾矿物的微生物，如硅酸盐细菌能分解土壤中的钾长石、云母及磷矿石，使其中难溶的磷、钾有效化。
（2）制造和协助农作物吸收营养。有些菌肥施用后，由于微生物的活动，不仅能增加土壤有效养分，还能产生多种激素类物质和各种维生素，从而促进作物的生长；根瘤菌肥中的根瘤菌向豆科植物一生提供的氮素占其一生需要量的30%～80%；VA菌根是一种土壤真菌，它可以与多种植物根共生，其菌丝伸出根部很远，可以吸收更多的营养供各种植物利用，其中以对磷的吸收最为明显。
（3）增强植物的抗逆性。有些微生物肥料的菌种接种后，由于在作物根部大量生长繁殖，成为作物根际的优势菌，它们可分泌抗真菌和细菌的抗生素，从而抑制多种病菌的生长。VA菌根的菌丝则由于在作物根部的大量生长，除了可以吸收有益于作物生长的营养元素外，还可以增加作物对水分的吸收，提高作物的抗旱能力。
生物肥料（菌肥）
生物肥料（菌肥）需要区别于生物有机肥料。
微生物肥料也就是生物菌肥，但是其本质不是肥，只是通过一些工厂的手段培养的一些在土壤中有利于土壤和作物的有益菌类。
分类
有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等；
分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷细菌和复合细菌等；
分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等；
促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等；
抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等。
作用
三种以上多种复合菌相互促进、相互补充，抗土传病害效果远远大于单一菌种。有益菌群相互协同，共同作用，能使作物达到高产丰产的效果。
提高作物产量
改善作物品质
增强作物抗逆性
提高化肥利用率
改善土壤环境
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当然并不是所有的微生物冲施肥都可以达到这种效果，需要看基质和菌种，找那些能自带营养的微生物冲施肥一起施用，可以快速扩繁土壤中的有益菌，抑制有害菌，达到土壤调理作用，植物生长发育快速健康。
2、促进作物生长：微生物肥料的使用，促进了刺激素即植物生长调节剂的产生，调节、促进作物的生长发育。微生物菌剂的使用，可以促进赤霉素、生长素和其他活性物质的产生。
3、增强作物抗病抗逆能力：微生物肥料中部分菌种具有分泌抗菌素和多种活性酶的功能，抑制或杀死致病真菌和细菌；同时大量的田间试验也证明，微生物肥料的应用可以降低病虫害发生率及增强作物的抗逆性能。对棉花黄枯萎病，稻瘟病，小麦的白粉病、茎腐病，蔬菜猝倒病、立枯病、青枯病等有一定的防治和抑制作用，大量实验表明地恩地微生物菌剂可有效抑制某些种类线虫病的发生。同时它也有明显的抗旱、耐寒、抗倒伏、抗盐碱的效果，增强作物的抗病性，从而有效预防作物生理性病害的发生。
4、提高产量、改善品质：使用微生物肥料可以提高农产品中的维生素C、氨基酸和糖分的含量，有效降低硝酸盐含量，使生产出来的农产品好吃又好看，卖个好价钱。可不同提高作物产量20-30%。
（1）提高土壤肥力。
这是生物肥料的主要功效，例如各种自生、联合或共生的固氮生物肥料，可以固定空气中的氮素，增加土壤中的含氮量；多种分解磷、钾矿物的微生物，如硅酸盐细菌能分解土壤中的钾长石、云母及磷矿石，使其中难溶的磷、钾有效化。
（2）制造和协助农作物吸收营养。
有些菌肥如“5406”抗生菌肥施用后，由于微生物的活动，不仅能增加土壤有效养分，还能产生多种激素类物质和各种维生素，从而促进作物的生长；根瘤菌肥中的根瘤菌向豆科植物一生提供的氮素，占其一生需要量的30%～80%；VA菌根是一种土壤真菌，它可以与多种植物根共生，其菌丝伸出根部很远，可以吸收更多的营养供各种植物利用，其中以对磷的吸收最为明显。
（3）增强植物的抗逆性。
有些生物肥料的菌种接种后，由于在作物根部大量生长繁殖，成为作物根际的优势菌，它们可分泌抗真菌和细菌的抗生素，从而抑制多种病菌的生长。VA菌根的菌丝就是由于在作物根部的大量生长，除了可以吸收有益于作物生长的营养元素外，还可以增加作物对水分的吸收，提高作物的抗旱能力。
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