中国虽然拥有众多的世界遗产，但在保护和开发中产生了许多矛盾，同时对世界遗产的保护不力也造成了遗产的不可弥补的损失。下面列举的是比较重大的事件：
1998年9月，联合国教科文组织官员在湖南张家界武陵源进行世界遗产监测时对于当地城市化对自然环境的破坏提出了尖锐批评。2001年4月，前总理朱镕基视察张家界时对当地自然境观的问题表示关注，并指示要加快武陵源风景区的建筑物清拆及还耕还林的部分以加强绿化力度。2002年5月1日，张家界百龙旅游电梯试运营。该电梯被国内外媒体认为是破坏了自然风景。2002年11月23日下午，四川紫坪铺水利枢纽工程成功实现截流。该工程的姊妹工程——杨柳湖工程，距离都江堰仅1300米。2003年8月，杨柳湖工程被紧急叫停。2003年1月19日晚，湖北武当山古建筑群的重要组成部分之一的遇真宫主殿发生大火。该火灾的责任在于武当山文物管理部门。有关部门违反国家规定，擅自将遇真宫使用权转让给一家私立武术学校，而埋下了安全隐患。2003年年中，针对云南怒江水电开发的一项装机容量超过2000万千瓦的13级电站规划正式提出。2004年年初该规划被搁置。2004年2月10日晚，大足石刻石门山一尊石刻和一尊泥塑头像被砍掉盗走。2005年10月17日北京时间下午2点30分，山西平遥古城的南城门一段城墙发生坍塌。山东泰山在近20年来，由于开发不善而导致建筑过多，植被被破坏等现象。截至2005年4月，泰山景区内已拆除违章建筑164处、违法别墅21栋，清除商业经营性广告400余块，修建标准公厕53处、污水处理池29处，维修古盘道4200米，并建立起泰山景区森林防火视频检测系统，基本完成古建筑主体大修工程和岱顶绿化工程。2006年，澳门特区政府取消对东望洋山东麓建筑的高度限制，被指破坏东望洋灯塔的历史性。2006年11月14日，中华人民共和国文化部公布《世界文化遗产保护管理办法》，规定“因保护和管理不善，致使真实性和完整性受到损害的世界文化遗产，由国家文物局列入《中国世界文化遗产警示名单》予以公布。”在第三十一届世界遗产大会上，三江并流并筑坝问题被世界遗产委员会警告，北京故宫、天坛、颐和园、丽江古城以及布达拉宫被要求整改。