造成农业面源污染的主要原因包括：化肥农药的不合理使用、畜禽养殖污染、秸秆焚烧等。
化肥农药的不合理使用是造成农业面源污染的重要原因之一。为了提高农作物产量，农民通常大量使用化肥和农药。然而，过量使用这些化学品会导致土壤结构改变，造成土壤板结、酸碱失衡等问题。同时，这些化学物质容易通过降雨径流和灌溉等途径进入水体，造成水体富营养化，导致藻类过度繁殖，影响水质，破坏水生生态系统。
畜禽养殖污染也是农业面源污染的重要源头。随着规模化养殖业的快速发展，畜禽粪便和废水的处理不当成为环境污染问题。许多养殖场缺乏环保设施，导致大量废水、废渣直接排放，其中含有的氮、磷等营养物质及病原微生物进入水体，造成水质恶化，严重影响农业生态环境。
秸秆焚烧也是造成农业面源污染的一个因素。农作物收获后产生的秸秆若未被合理处理，往往会被露天焚烧。这不仅导致大量资源浪费，还会产生大量有害气体和颗粒物，对空气质量造成严重影响，危害人体健康。此外，秸秆焚烧还可能引发火灾等安全问题。
综上所述，农业面源污染主要由化肥农药的不合理使用、畜禽养殖污染及秸秆焚烧等因素导致。为改善农业生态环境，需从源头控制污染，推广科学合理的农业生产方式，加强养殖业的环保管理，以及提高秸秆的综合利用率。