好麻烦啊！！！！！
以下为新一出场的集数
001 云霄飞车杀人事件
048 外交官杀人事件(上集)（工藤和服部的对决...超爱！！）
049 外交官杀人事件(下集)
162 飞天密室 工藤新一最初的事件★
188 危命的复活 洞窟内的侦探团
189 危命的复活 负伤之下的名侦探
190 危命的复活 第三个选择
191 危命的复活 黑衣骑士
192 危命的复活 新一回来了
193 危命的复活 约定的场所
219 被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德★
286 工藤新一纽约事件(事件篇)
287 工藤新一纽约事件(推理篇)
288 工藤新一纽约事件(解决篇)
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案★（伪新一）
400 心存疑惑的小兰（回忆）
437 上户彩和新一 4年前的约定(回忆)
472 工藤新一少年的冒险(前篇)
473 工藤新一少年的冒险(后篇)
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决★
521 杀人犯，工藤新一★
522 新一的真实身份与兰的眼泪★
523 真正想问的事
472 工藤新一少年的冒险(前篇)
473 工藤新一少年的冒险(后篇)
剧场版 迷宫的十字路口
有基德出场的
076 柯南VS怪盗基德★
132 魔术爱好者杀人事件(事件篇)
133 魔术爱好者杀人事件(疑惑篇)
134 魔术爱好者杀人事件(解决篇)
219 被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德★
356 怪盗基德的惊异空中步行★
394 怪屋大冒险(封印篇)
395 怪屋大冒险(操纵篇)
396 怪屋大冒险(解决篇)
469 怪盗KID与四幅名画(前篇)
470 怪盗KID与四幅名画(后篇)
515 怪盗KID的瞬间移动魔术★
剧场版：世纪末的魔术师
世纪末的魔术师
侦探们的镇魂歌
有服部出场的
048 外交官杀人事件(上集)
049 外交官杀人事件(下集) （工藤和服部的对决...超爱！！）
057 夏洛克·福尔摩斯˙诡异的杀人事件(上集)
058 夏洛克·福尔摩斯˙诡异的杀人事件(下集)
174 二十年的杀意 圣佛尼号连续杀人事件★（服部和柯南意见产生分歧）
222 人鱼失踪记(事件篇)
223 人鱼失踪记(推理篇)
224 人鱼失踪记(解决篇)
238 大阪3K事件(上集)
239 大阪3K事件(下集)（好像有）
263 大阪双重谜团 浪花剑士和太阁之城★
277 英语教师VS西部名侦探(上集)
278 英语教师VS西部名侦探(下集)
323 服部平次一筹莫展(前篇)
324 服部平次一筹莫展(后篇)
325 火焰中的红马(事件篇)
326 火焰中的红马(搜索篇)
327 火焰中的红马(解决篇)
406 柯南和平次的推理魔术(装置篇)
407 柯南和平次的推理魔术(公馆篇)
408 柯南和平次的推理魔术(解决篇)
479 和服部平次在一起的3天★
516 风林火山 迷宫的铠甲武士★
517 风林火山 阴和雷霆的对决
剧场版：侦探们的镇魂歌
迷宫的十字路口
我认为比较好的
001 云霄飞车杀人事件
002 董事长千金诱拐事件
007 每月一份礼物威胁事件
011 钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件★
031 电视台杀人事件
034 山庄绷带怪人杀人事件(上集)
035 山庄绷带怪人杀人事件(下集)（好恐怖~~~~）
042 卡拉OK歌厅杀人事件（柯南用新一的身份解决）
043 江户川柯南诱拐事件（新一父母出场）
052 雾天狗传说杀人事件★
068 黑夜的怪男爵杀人事件(事件篇)
069 黑夜的怪男爵杀人事件(疑惑篇)
070 黑夜的怪男爵杀人事件(解决篇)
081 当红歌星绑架事件（上集）
082 当红歌星绑架事件（下集）
096 走投无路的名侦探！连续两大杀人事件★
128 黑暗组织10亿抢劫事件（灰原姐姐出场）
129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件★（与上面连着的）
130 竞技场无差别胁迫事件(上集)
131 竞技场无差别胁迫事件(下集)
136 蓝色古堡搜索事件(上集)
137 蓝色古堡搜索事件(下集)
146 本厅刑事恋爱物语(上集)
147 本厅刑事恋爱物语(下集)
153 园子的夏日海滩冒险物语(上集)
154 园子的夏日海滩冒险物语(下集)
155 水中的钥匙密室事件
156 本厅刑事恋爱物语2(上集)
157 本厅刑事恋爱物语2(下集)
166 鸟取县蜘蛛公馆的怪事(事件篇)
167 鸟取县蜘蛛公馆的怪事(疑惑篇)
168 鸟取县蜘蛛公馆的怪事(解决篇)（好像有服部...记不清了）
176 与黑暗组织的再会(灰原篇)
177 与黑暗组织的再会(柯南篇)
178 与黑暗组织的再会(解决篇)（对决！！！）
184 诅咒的假面的冷笑★
185 被狙击的名侦探(上集)
186 被狙击的名侦探(下集)
187 在黑暗中传出的神秘枪声
196 看不见的凶器 小兰的初次推理
199 嫌疑犯˙毛利小五郎(上集)
200 嫌疑犯˙毛利小五郎(下集)
205 本厅刑事恋爱物语3(上集)
206 本厅刑事恋爱物语3(下集)
207 完美的名推理
208 迷宫的入口 巨大神像的愤怒★
217 目暮尘封的秘密(上集)
218 目暮尘封的秘密(下集)
253 本厅刑事恋爱物语4(上集)
254 本厅刑事恋爱物语4(下集)
264 法庭上的对决 妃VS小五郎 (上集)
265 法庭上的对决 妃VS小五郎 (下集)
266 情人节的真实(事件篇)
267 情人节的真实(推理篇)
268 情人节的真实(解决篇)
281 年幼的目击者
284 中华街 雨中的似曾相识(上集)
285 中华街 雨中的似曾相识(下集)
291 孤岛的公主与龙宫城(事件篇)
292 孤岛的公主与龙宫城(追求篇)
293 孤岛的公主与龙宫城(解决篇)
297 法庭的对决II 妃VS九条(上集)
298 法庭的对决II 妃VS九条(下集)
304 震动警视厅 1200万名人质★
309 同黑暗组织的接触(交涉篇)
310 同黑暗组织的接触(追踪篇)
311 同黑暗组织的接触(决死篇)
312 夕阳染红的女儿节人偶(前篇)
313 夕阳染红的女儿节人偶(后篇)
329 金钱买不到的友情(前篇)
330 金钱买不到的友情(后篇)
338 四辆保时捷(前篇)
339 四辆保时捷(后篇)
340 厕所里隐藏的秘密(前篇)
341 厕所里隐藏的秘密(后篇)
342 豪斯登堡的新娘★
358 本厅刑事恋爱物语5(前篇)
359 本厅刑事恋爱物语5(后篇)
364 共时性事件(前篇)
365 共时性事件(后篇)
383 甲子园的奇迹！绝不能输给看不见的恶魔★
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲)
390 本厅刑事恋爱物语6(前篇
391 本厅刑事恋爱物语6(后篇
409 同时进行的舞台和绑架(前篇)
410 同时进行的舞台和绑架(后篇)
421 银杏色的初恋(前篇)
422 银杏色的初恋(后篇)（啊力博士的初恋）
425 黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间★
427 超秘密的上学路(前篇)
428 超秘密的上学路(后篇)
429 无法归来的二人(前篇)
430 无法归来的二人(后篇)
431 本厅刑事恋物语7(前篇)
432 本厅刑事恋物语7(后篇)
437 上户彩和新一 4年前的约定
445 俄罗斯蓝猫的秘密
446 被封印的欧式窗(前篇)
447 被封印的欧式窗(后篇)
448 目黑的秋刀鱼事件
449 本厅刑事恋爱物语 虚假的婚礼★
450 手法VS魔术(前篇)
451 手法VS魔术(后篇)
452 金比罗剧院的怪人★
453 因缘和友情的试映会
454 颠倒的场景(前篇)
455 颠倒的场景(后篇)
456 我喜爱的神秘旅行
457 园子的红手帕(前篇)
458 园子的红手帕(后篇)
459 怪人 循规蹈矩的男人
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
474 妃英理律师之恋
487 本厅刑事恋爱物语8左手的无名指★
488 电视台的恶魔★
489 法庭的对决Ⅲ 目击者是检察官★491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
505 律师妃英理的证言（前篇）
506 律师妃英理的证言（后篇）
507 卡拉OK厅的死角（前篇）
508 卡拉OK厅的死角（后篇）
509 红白黄色与侦探团
510 柯南vs双重暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
518 明治维新神秘之旅（探索篇）
519 明治维新神秘之旅（解读篇）
剧场版：引爆摩天楼
第十四个目标
瞳孔中的暗杀者（柯南告白了！！！！）
通往天国的倒计时（与黑组织再会）
贝克街的亡灵（超爱）
至于水平线上的阴谋 绀碧之棺 战栗的乐谱 本人不太喜欢，但楼主可以去看看。
OVA短片集
01 柯南对基德宝刀争夺战
02 十六人的嫌疑者
03 柯南与平次与消失的少年
04 柯南基德和水晶宝石
05 目标是小五郎!!少年侦探团的秘密调查
06 追踪消失的钻石
07 来自阿笠的挑战书
08 女子高中生侦探！铃木园子的事件薄
都不错
累死我了!!!!!!可能有一些会出错。我不是神，不能每集都记住讲什么。有些好的可能没整理到，还请见谅。
PS：每集结尾歌曲后面都还有一小段，不要错过。
参考资料：柯南百度百科