一：第一部没有
第二部
1.聚散流沙 2.蟒虎之森 3.暗之逆鳞 4.危城长夜
5.鸩羽千夜 6.决断绝境 7.怒剑狂澜 8.虎跳猿飞
9.吞噬之喉 10.幻音宝盒 11.王道墨攻 12.侠道非攻
13.禁忌残虹 14.玄武逆流 15.梦之深处
16.非攻飞攻 17.青铜开口 18.夜尽天明
二：1百步飞剑
2.夜尽天明
3.诸子百家
4.万里长城
5.仁者无敌
6.亡秦必楚
还有序章和大结局
三：是；没有；2009春节
四：第一部《百步飞剑》
公元前221年，秦王嬴政扫灭六国，一统天下，称：始皇帝。为了建立自己的千秋功业，嬴政穷兵黩武，追剿残敌，以图永除后患。天下虽定，乱世未绝。天下第一剑客---盖聂携故人之子---荆天明为躲避秦王的追杀，踏上了荆棘密布的旅程。秦国边境，残月谷，盖聂一人一剑，尽屠300大秦铁骑精兵。
鬼谷派历代掌门一生只收纵，横两名弟子。鬼谷传人，原韩国贵族---卫庄20年前为同门师兄盖聂所败，一生所愿便是击败师兄，夺得天下第一剑的名号。为此其不惜肉身，修炼鬼谷派的禁忌秘术，实力已是深不可测。李斯便以盖聂作饵，诱卫庄出山。天明扶持伤重的盖聂来到一处山村。原楚国大将项燕之后---少羽和梁叔，范师傅率领一众家将就在此山村隐居。
少羽每日熟读兵书，勤练武功，以期有朝一日反秦复国。卫庄手下四大天王之一---无双鬼杀到山村。无双鬼蛮力无双，杀法残暴，将山村变成一座修罗地狱。众家将在其面前蝼蚁般不堪一击，眼看就要被屠戮殆尽。面对恐怖强悍的敌人，天明和少羽毫无惧色，奋勇应战。无奈实力相差悬殊，少羽力战不支，情势危急！危急关头，天明突发奇招，妙用项家警报火流星击倒了无双鬼。天明得意非常，忘乎所以。却不知无双鬼耐力惊人，起身疯狂扑来。大危机！！！
千钧一发之际，重伤醒来的盖聂出手，干掉无双鬼，解救了天明和项家众人。项家既已行藏泄露，便舍弃了山村，携盖聂，天明二人上路前往太湖墨家药庄。途经原楚国境地，但见国破家亡，满目疮痍，民众流离失所，沦为秦国的奴役。入夜，荒原，突然出现的狼群对一行人展开血腥的追杀。恐怖的狼群如潮水般在原野上狂涌奔突，项家车队陷入绝境。狼群的主人是卫庄手下四大天王之一苍狼王。苍狼王武功超绝，神鬼莫测，瞬间杀败众人。危难时刻，天明再出奇招，险中求胜。苍狼王终被击退，众人得救。墨家少女高月出现，带领众人前往墨家的栖息地。一行人历经险阻，终于来到了太湖畔的墨家药庄.药庄主人---端木蓉素有三不救的规矩，拒绝收留盖聂。
谁知在悉破盖聂身份后，端木蓉竟又破例答应为其疗伤。项家人遂告辞离去。墨家素以“兼爱，非攻”的思想和玄妙神奇的机关术闻名于世。墨家高手---班大师用来传送消息的机关鸟着实让天明大开了眼界。高月在端木蓉为盖聂疗伤时，脑海中不断闪现哀伤的记忆碎片。在这位天真烂漫的少女心灵深处，似乎埋藏着什么秘密。天明在药庄过着安宁快乐的田园生活，尽管他古灵精怪的性格总是为自己惹来各种各样的麻烦与笑话。温柔可爱的药庄少女---高月，年纪和天明相仿，渐被天明的活力所吸引。在和天明的朝夕相处之中，似乎感觉到了这个顽皮刁钻的少年内心深处的孤寂。盖聂伤愈不久，敌人再度出现。盖聂带领众人驾车撤离药庄，向墨家机关城而去。
众人的一举一动，全都暴露在卫庄的侦查利器---蝶翅鸟的监视之下。山道上，令人震惊的一幕发生：一支骇人的白色巨鸟袭击车队，马车坠下悬崖。众人被困在山道上。更令人震惊的是：向蝶翅鸟泄露行踪，出卖大家的人是高月。
原来高月竟是燕国公主。燕国被灭后，高月一家颠沛流离，父亲正是被盖聂所杀。这份仇恨一直深埋在她心底，在疗伤时，更是给盖聂服食了终生无法用剑的毒药。就在盖聂中毒之际，卫庄手下四天王之一---赤练出现了。赤练布下蛇阵，欲全歼众人。危急时刻，班大师用威力强大的机关兽挡住卫庄，将众人救上了机关木鸢。谁知机关兽突然失控，竟开始袭击高月混乱中，高月跌落悬崖。
盖聂和天明在半空中将高月救下。一行人乘坐木鸢向墨家机关城飞去。在木鸢上，盖聂和端木蓉细话当年。高月终于明白自己是受了赤练火魅术迷惑，心结渐渐解开。端木蓉提到了当年的长平之战以及刺秦计划。与此同时，秦王和李斯也正密切关注着众人的行踪。天明看着盖聂，想到自己未知的父母，黯然神伤。木鸢上，班大师想起机关兽失控的情形，惊觉墨家的死对头公输家族也出现了。不想更大的危机来临：卫庄手下四天王之首---白凤凰率千万鸟群布下漫天血羽杀阵，欲在万丈高空中剿灭众人！
众人利用木鸢的喷气加速装置逃过此一劫，终于来到了隐藏在深山中墨家机关城。白凤凰在卫庄的授意下，并未全力追击，放任众人入城，不免令人心生疑窦。机关城内机巧玄妙，别有洞天。众人乘坐木鸢穿越了强弩闸道，降落在了世间乐土。墨家高手，有偷王之称的盗跖现身前来迎接，和天明甚是投缘。机关城内机关重重，众人小心翼翼地穿行其中。盖聂在此教导天明何为强者之道。机关城外，卫庄和秦王都开始部署起了进攻计划。终于进入机关城内城。墨家第一铸剑高手徐夫子前来迎接。盖聂手中名剑渊虹正是徐夫子的母亲所铸。
徐夫子告诉盖聂城中还有另一把名剑水寒的存在。天明一行人进入内城，赫然发现少羽正和墨家力士大铁锤在比试力气。少羽少年英雄，艺高人胆大，折服了大铁锤。天明不服气，出手戏弄，被大铁锤所擒教训了一顿。与此同时，卫庄派出了手下两大秘密高手准备袭击墨家机关城。盖聂在和天明的朝夕相处中，向其灌输强者之道天明虽是造化之子，然其将来是正是邪，却令人难以预料。
绝世高手隐蝠武功骇人，从空中侵入机关城和大铁锤的警卫部队遭遇。卫庄得到墨家百年死敌公输家族的协助，掌握了霸道的机关兵器，已有了克制墨家机关术的能力。
秦王请来阴阳教长老月神，借其玄妙的奥术洞悉了天明等人的一举一动。
月神更预言，盖聂将死于天明之手。
机关城的晚霞依然美丽，然而这片宁静终究难以持久。
第二部《夜尽天明》
公仗剑英雄，侠义少年，邀君共赴江湖游。
千万重机关，万阙迷岭，快意恩仇续前缘。
中国首部3D武侠动画片《秦时明月》凭借宏大的剧情和唯美的画面、动听的音乐，不仅使得挑剔的国内漫迷表示了赞许和认可， 而现在，本系列第二部《秦时明月之夜尽天明》已经震撼登场。
《夜尽天明》第一话简单介绍上部的故事大概，方便了未观看第一部的观众。开篇便是大铁锤与隐蝠的激战，之后便是高渐离与雪女联手战胜了隐蝠，隐蝠败走。而此时，卫庄的手下黑麒麟已经化妆成大铁锤手下潜入墨家机关城。
黑麒麟打伤班大师，夺得机关城内部构造图交给卫庄，卫庄命令黑麒麟在机关城核心的中心水池下毒，之后，黑麒麟易容成盖聂暗算徐夫子，不但下毒成功，而且使得高渐离对盖聂生疑，将其软禁在房间内。
太阳升起，触动了黑麒麟下在水池中的鸩羽千夜，墨家机关城内顿时飘满毒气，墨家弟子死伤惨重。卫庄等人攻入机关城，与高渐离、雪女等人展开激战。端木蓉将高月从墨家除名，托付于少羽和天明，将三人送进墨家禁地。隐蝠随后赶来，在与端木蓉的交战中逐渐占据优势。
而此时，天明、少羽、月儿三人进入墨家机关城禁地，通过少羽的天生神力顺利地闯过机关虎跳，来到了猿飞处。由于少羽的恐高，天明在闯机关时与月儿一起不慎落入深谷，生死未卜。高渐离等人躲入墨家墨核，被卫庄团团围困，墨家正遭遇三百年来最大的浩劫。
少羽在最后关头紧紧抓住绳子，拉住了命悬一线的天明和月儿，之后三人安全飞过猿飞，到达龙喉。天明少羽跌入暗室，月儿不顾一切跳入暗室，与他们生死共存。墨核处，隐蝠抓住端木蓉带到卫庄面前，公输仇得知三人进入墨家禁地，于是只身前往，竟然顺利地从捷径进入墨家禁地，看来墨家禁地的绝天锁也不怎么的。
月儿通过精准的分析推理破解了幻音宝盒的秘密，三人来到侠道与王道面前，少羽在王道前而天明和月儿在侠道前，原本三人只是为了分开去看雕像前的字，结果由于后路的崩塌，少羽无法迂回到侠道，所以三人决定分开走。
少羽在王道中遇到一副墨攻棋局：攻城为下，攻心为上。经过一段时间的厮杀、思考和回忆，终于险中取胜，最后关头，龙首从中间裂开，露出一把光芒四射的破阵霸王枪。再说天明和月儿，二人走的侠道出口处有一个机械铜人，而出口的唯一钥匙就在铜人的胸前，那铜人没有人眼却可以通过地面的压力找到二人，月儿发现了这个秘密，与天明携手打败了他，那把打开门的钥匙竟是墨家的至尊武器——非攻。
随后，少羽，天明和月儿同时调入两个不同的深渊。在深渊的下面天明和和月儿发现了公输仇和前任墨家巨子的尸骸，公输仇叫天明屏住呼吸，潜入有毒的池水里面去开启总闸门。天明成功后，被水下怪物略去，公输仇打昏月儿将月儿放至机关蛇上天明忽从水上跳出打败公输仇，躲过卫庄的追兵。碰见了刚从深渊爬上来的少羽，三人结伴前行。
一路上，三人操纵机关白虎，并战胜了公输仇的机关蛇。月儿，天明少羽分到而行。天明和月儿在路上碰到了月神，月儿被月神劫走了。留下了一旁昏迷不醒的天明。这时雪女，高渐离，大铁锤前去救被困的端木蓉。一番激烈对决后，盖聂带着一串杀气走向他的师弟——卫庄。
在两人打斗之后，端木蓉被白凤凰用羽毛刺中，死在了盖聂的怀里。随后天明醒来，冲到盖聂前面，盖聂拉他到身后。
突然，一把剑刺中盖聂，然而刀柄上握的正是天明的手……
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