科学发展观的基本内涵包含以下五个方面：坚持以人为本，是科学发展观的核心内容；促进全面发展，是科学发展观的重要目的；保持协调发展，是科学发展观的基本原则；实现可持续发展，是科学发展观重要体现；实行统筹兼顾，是科学发展观的总体要求。科学发展观的提出，是我们党对现代化建设指导思想的重大发展。
“马克思的整个世界观不是教义，而是方法。它提供的不是现成的教条，而是进一步研究的出发点和供这种研究使用的方法。”[1]恩格斯的这个精辟论断，同样适用于马克思主义中国化的最新成果。我们学习和坚持科学发展观，不仅要从认识论意义上完整准确地把握它的主体内容和基本要求，还要从方法论意义上正确地领会和掌握它所蕴涵的科学方法。而且，认识论意义上的科学发展观作为一种执政理念，主要是由执政者即各级党政机关及其工作人员特别是领导干部来贯彻执行的；方法论意义上的科学发展观作为一种认识和改造客观世界的有效工具，对于执政者以及从事任何职业的社会成员均有重要的应用价值。
近几年来，通过认真、深入地学习和宣传，科学发展观的理论意义和主要内容已经深入人心，全党全国人民正在齐心协力、精神振奋地将其付诸实践。但在相当一些地方和单位，从方法论意义上对科学发展观的掌握和运用还有较大差距。为了在实际工作中更好地贯彻执行科学发展观，很需要进一步挖掘和阐释科学发展观在方法论上的重要指导意义。
一、注重掌握和运用马克思主义以人为本的根本方法
以人为本是科学发展观的基石和灵魂，体现着科学发展观的价值抉择、方向引导和实践主体，所回答的是立足什么求发展、为了什么去发展、依靠什么才能发展的根本问题。可以说，人既是科学发展观的立足点、出发点和落脚点，亦是科学发展观得以付诸实践的动力、载体和依托。
科学发展观的以人为本，当然是以人民为本，以最广大人民的根本利益为本。坚持以人为本，就是要坚持全心全意为人民服务的根本宗旨，以人民利益作为一切工作的出发点和落脚点，以实现好、维护好、发展好人民利益作为根本目的来谋发展、促发展，做到发展为了人民、发展依靠人民、发展成果由人民共享。在这个认识的基础上，要使我们对以人为本科学内涵的把握更深入、更准确，更有利于将以人为本变为实实在在的具体行动，还需要从马克思主义的基本出发点和价值诉求来进一步理解“人”的深层内蕴。
马克思、恩格斯在阐述他们创立的新的世界观时明确指出：“我们的出发点是从事实际活动的人”[2]。在马克思主义看来，人并不是抽象地栖息在世界以外的东西，人的本质是一切社会关系的总和。“新唯物主义的立脚点是人类社会或社会化了的人类”[3]。这些经典论述表明，马克思主义的立脚点、出发点和落脚点，是在社会现实中从事着实践活动而且已经被社会化了的一个个具体、现实的人。既然科学发展观是马克思主义中国化的最新成果，那么，科学发展观中以人为本的“人”，当然也是指从事实际活动的一个个现实、具体而且社会化的人。只有这样来理解以人为本的“人”，才能在实际工作中将我们经常说的人民或最广大人民具体化、实体化、社会化，才能从根本上划清科学发展观的以人为本同西方人本主义以及我国古代民本思想之间的界限。
遵照马克思主义深刻阐述的“人”的科学内蕴，要在贯彻落实科学发展观的实践中坚持以人为本，就必须以现实、具体、社会化的人作为搞好一切工作的立足点、出发点和落脚点，这是一个根本性的思想方法和工作方法。从各级党政机关及其工作人员特别是领导干部的角度而言，这个方法的基本要求主要包括以下几个方面：其一，党政机关和党政领导干部作任何决策，都要立足于决策所涉及的本行政区域各层次、各群体、各地域人员之实际状况、实际利益和实际要求，统筹兼顾，公正公平，特别是要注重调查研究占人口绝大多数的普通工人、农民和知识分子的实际状况，注重听取他们的意见，预测所作决策给他们的切身利益有可能产生的影响，在改革开放和现代化建设的实践进程中尽可能地为他们谋求较多实惠。其二，党政机关及其工作人员在执行方针政策、法律法规和有关决策的任何具体行为中，都要善待每一个当事人和相对人，特别是其中的普通工人、农民和知识分子，尊重他们的人格和法定权利，注意听取他们所反馈的意见和要求，既严格按方针政策、法律法规和有关决策办事，又注重人文关怀和人情味、亲和力，将二者有机地结合起来。其三，党政机关及其工作人员特别是领导干部在处理任何涉及具体人的相关问题时，既要注意考察相关人员履行责任和义务的实际情况，也要注意维护其法定权利和应有利益，更要注重从其置身其中的现实社会关系入手去考虑问题，注重以多种方式尤其是制度建设的方式去改造、改善产生有关问题的社会关系和社会环境。
二、注重掌握和运用马克思主义系统辩证的根本方法
作为马克思主义中国化最新成果的科学发展观，是马克思主义系统思想同现代系统科学有机结合的结晶，是将马克思主义系统思想同中国现代化建设实际有机结合的典范。科学发展观在坚持以人为本的大前提下，将我国的社会主义现代化建设和全面建设小康社会视为一个超大型的系统，从多种角度和层次将其分为物质文明建设、政治文明建设、精神文明建设，经济建设、政治建设、文化建设、社会建设，以及经济体制改革、政治体制改革、科教文卫体制改革、对外开放等子系统，致力于追求各子系统全面、协调、可持续地运行和发展。所谓全面，就是要着眼于经济、政治、文化、社会、生态等各个方面的发展；所谓协调，就是各方面发展要相互衔接、相互促进、良性互动；所谓可持续，就是既要注重经济建设持续的高速发展，又要注重自然资源的合理利用和生态环境的良好保护，既要考虑当前发展的需要，满足当代人的基本需求，又要考虑未来发展的需要，为子孙后代着想。
关于我国在全面建设小康社会阶段经济社会建设和发展的指导思想，科学发展观特别提出了“五个统筹”：（1）统筹城乡发展,即整合工业化、城镇化、农业现代化中的城乡、工农之间的关系，建立有利于克服二元经济结构的体制;（2）统筹区域发展,即在更大范围内正确处理发展不平衡与平衡的关系，整合区域之间的资源配置和互动机制，发挥发达地区的带动作用,加速后进地区的发展,缩小区域发展差距,防止区域发展严重失衡;（3）统筹经济社会发展,即处理好经济发展与社会整体进步的关系，处理好改革、发展、稳定的关系，促使社会全面发展，防止社会结构的不应有损害;（4）统筹人与自然和谐发展,即实现经济发展与生态环境保护的有机统一,防止对自然资源的浪费和对生态环境的破坏;（5）统筹国内发展与对外开放,即把我国的经济社会发展融入经济全球化的大进程之中,积极参与，趋利避害,既要发挥世界经济发展对我国发展的促进作用,又要防止对世界经济的过分依赖,影响我国经济社会发展的独立自主和自力更生。科学发展观提出的这些思想，明确地内涵和彰显着系统辨正的科学方法。
科学发展观系统辨正地分析和把握现代化建设全局的方法，对于我们做好自己所承担的实际工作有着多方面的重要启示。简要地来说，首先，系统是事物存在的普遍形式，科学发展观视野中的现代化建设表现为一个超大型的系统，我们所从事的任何工作也都表现为一种系统。现代化建设包含着多层次、多方面的子系统，我们承担的每一项工作既可以分解为若干子系统，又与相关工作密切联系，互相配合，组成了高一层次的比较大一些的系统。因此，我们要做好自己承担的工作，一个必有前提，就是要搞清楚其自身的内容结构，并明确其在高一层次工作系统中所处的地位，所发挥的作用。其次，整体观念是系统思想的核心观念，科学发展观的突出特点是整体把握现代化建设所内涵的诸多层次、诸多方面。我们要做好自己所承担的工作，也应该对其所包括的各项内容和要求有一个整体把握。再次，系统的运行表现为各子系统之间动态的协调性和平衡性，表现为逐步展开的可持续过程，科学发展观正是这样来要求和指导现代化建设的。我们在实际工作中，也要注意调节各方面、各阶段工作内容之间的输入输出关系，以保持其相互之间的协调、平衡和可持续性。
三、注重掌握和运用在系统运行中抓决定性、关键性环节的根本方法
党的十六大以来，以胡锦涛同志为总书记的新一届中央领导集体，不仅创造性地提出了科学发展观，而且以科学发展观统领各方面的实际工作，将改革开放和现代化建设推向了一个新阶段。以科学发展观统领各方面工作的过程，同时也是在实践中对科学发展观的内容进一步丰富、扩充和发展的过程。这个过程，明确地体现着科学发展观在方法论方面的进一步展示。
从实际情况来看，在党的十六大之后的第二年即2003年，新一届中央领导集体就在党的十六届三中全会上作出了“关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定”，这个决定不仅正式提出了科学发展观，而且潜含着新一届中央领导集体要从完善市场经济体制入手贯彻科学发展观的战略思维；2004年，党的十六届四中全会作出“关于加强党的执政能力建设的决定”，反映了新一届中央领导集体对贯彻科学发展观的领导队伍即执政党自身建设的高度关注，这里所说的“党的执政能力”，主要就是党对政府和人民群众贯彻执行科学发展观的伟大实践进行领导的能力；2005年，党的十六届五中全会审议通过了“关于制定国民经济和社会发展第十一个五年规划的建议”，体现了新一届中央领导集体拟通过法定程序，将贯彻科学发展观的战略蓝图变为国家意志的意图和取向；2006年，党的十六届六中全会又通过了“关于构建社会主义和谐社会的决定”，进一步丰富和完善了科学发展观，阐释了贯彻科学发展观所要达到和实现的宏伟目标。与此同时，为了解决影响、阻碍改革开放和现代化建设顺利进行的一些突出问题，如宏观调控问题、“三农”问题、腐败问题、贫富差距问题等，新一届中央领导集体也非常重视，采取了一系列果断措施。
上述过程表明，党的新一届领导集体在对科学发展观进行全面贯彻的同时，先后强调和重点推进了完善社会主义市场经济体制、加强党的执政能力、制定国民经济和社会发展第十一个五年规划、构建社会主义和谐社会这几个重点内容，同时还致力于解决一些突出的现实问题。这个情况，实际上体现了科学发展观内涵着的一种思想方法和工作方法，即一方面注重改革开放和现代化建设的全面推进，另一方面又注重选择并着力抓好其中具有决定性、关键性作用的若干环节，为改革开放和现代化建设的全面推进建立保障机制，强化领导力量，提供政治支持，确立新的目标，开辟新的局面，并致力于排除现代化建设实践所面临的各种障碍。这种思想方法和工作方法是唯物辩证法在新的历史条件下的新创造、新应用，具有很重要的方法论意义。
毛泽东指出：“在复杂的事物的发展过程中，有许多矛盾存在，其中必有一种是主要的矛盾，由于它的存在和发展规定或影响着其他矛盾的存在和发展。”“要用全力找出它的主要矛盾”[4]。还说：“党委要抓紧中心工作，又要围绕中心工作而同时开展其他方面的工作。”[5]在全面建设小康社会的新的历史条件下，科学发展观既继承和运用了毛泽东精辟阐述的抓主要矛盾、抓中心工作的思想方法和工作方法，又有许多新的丰富和发展。新一届中央领导集体自党的十六大以来贯彻科学发展观的实践表明，在科学发展观看来，世间任何事物不仅是运动的、发展的，而且这个运动和发展还应该是有序的、均衡的；当大系统中的某一个小系统或小系统中的某一个环节，对系统整体运行的有序和均衡具有某种导向性、主导型或者阻滞性、有害性的时候，着力强化或弱化这个小系统或环节，对系统整体有序、均衡地运行显然就具有决定性、关键性的意义了。我们很有必要将这个思想方法和工作方法应用到各地方、各单位乃至各个人的实际工作中去，以确保自己所承担的实际工作取得应有的实践效果。
四、注重掌握和运用倾听实践呼唤、坚持实践第一的根本方法
在党的十一届三中全会以后近三十年的时间里，在邓小平理论和“三个代表”重要思想的指导下，党领导全国人民开创了中国特色社会主义道路，取得了改革开放和现代化建设举世公认的伟大成就，综合国力大幅度提高，人民生活显著改善，至20世纪末已经总体上达到了小康水平。但是，正如党的十六大报告所指出：“我国正处于并将长期处于社会主义初级阶段，现在达到的小康还是低水平的、不全面的、发展很不平衡的小康，人民日益增长的物质文化需要同落后的社会生产之间的矛盾仍然是我国社会的主要矛盾。我国生产力和科技、教育还比较落后，实现工业化和现代化还有很长的路要走；城乡二元经济结构还没有改变，地区扩大的趋势尚未扭转，贫困人口还为数不少；人口总量继续增加，老龄人口比重上升，就业和社会保障压力增大；生态环境、自然资源和经济社会发展的矛盾日益突出；我们仍然面临发达国家在经济科技等方面占优势的压力；经济体制和其他方面的管理体制还不完善；民主法制建设和思想道德建设等方面还存在一些不容忽视的问题。”党的十六大报告的这一段论述，既深刻揭示了我国现阶段所面临的各种现实问题，也潜含着改革开放和现代化建设实践对党的理论指导的新的呼唤。只有进一步解放思想，开拓创新，以马克思主义中国化的最新成果统领各方面的实际工作，我国现阶段所面临的各种现实问题才能逐步得到解决。以胡锦涛同志为总书记的新一届中央领导集体提出的科学发展观，正是对这个呼唤的及时回应。这意味着，科学发展观作为回应实践呼唤的产物，其自身先天性地就具有注重倾听实践呼唤、注重接受实践检验的内在品格和思想方法。党的十六大以来，科学发展观从实践中不断汲取营养，在实践中自觉接受检验，并随着实践发展而不断丰富和完善的客观事实，充分证明了这一点。
科学发展观作为马克思主义中国化的最新成果，体现着实践的呼唤，凝聚着实践的智慧，经受着实践的检验，在实践永不停息的脚步中不断地丰富和完善，不断地发挥着对实践的指导作用。科学发展观不是象牙塔里的理论，它的目的和价值就在于确保我国的改革开放和现代化建设，能够沿着以人为本、全面、协调和可持续的道路不断推进。因此，坚持实践第一，注重以理论指导实践，致力于不断开辟理论付诸实践的通道，不断强化理论转换为实践的体制机制建设，同时又自觉接受实践的检验，根据实践要求使自己进一步得到丰富和完善，是科学发展观内涵着的又一个重要的思想方法和工作方法。
唯物辩证法非常尊重实践的权威，它既注重倾听和回应实践的呼唤，又注重接受实践的检验，以使人的认识随着实践的发展和深入而从相对真理向绝对真理逐步接近。马克思明确指出：“人的思维是否具有客观的真理性，这并不是一个理论的问题，而是一个实践的问题。人应该在实践中证明自己思维的真理性，即自己思维的现实性和力量，亦即自己思维的此岸性。”[6] 毛泽东也强调说：“实践的观点是辩证唯物论的认识论之第一的和基本的观点。”[7]人们倾听实践呼唤并将从实践中得来感性认识上升为理性认识，这是人的认识的“第一次飞跃”；将理性认识付诸实践，接受实践检验，取得实践成效，这是人的认识的“第二次飞跃”。科学发展观既注重认识的“第一次飞跃”，也注重认识的“第二次飞跃”，为我们坚持和运用唯物辩证法树立了光辉的典范。
根据科学发展观突出体现的这个方法论要求，我们做任何工作，都应该牢牢坚持 “实践第一”的观点，将这种根本性的思想方法自觉、积极、主动地运用到自己的实际工作中去。具体来说，就是经常注意和做到从实践中及时发现问题，通过进一步的调查研究和理论分析找到解决问题的思路及对策，并按照这个思路及对策到实践中去解决问题，以实践效果来检验自己的思路及对策是否正确，完成从实践到认识、再从认识到实践的循环。我们做任何工作的过程，都是这种从实践到认识、再从认识到实践的不断循环过程。近些年来，由于诸种主客观因素的影响，相当一些地方和单位的工作在一定程度上存在着一种浮躁之风，“实践第一”的思想方法和工作方法有所弱化。这直接影响和阻碍着改革开放和现代化建设的深入推进，应该在贯彻科学发展观的实践中坚决予以克服。
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