提单上的目的港是船公司出具及向他约定运输到哪里的运输凭证，
报关单是向海关申报，此批货物是到哪个国家的，是根据货物合同约定运输到哪里向海关申报的，
一个是运输企业、一个是货物出口监管政府部门，按照正常来说肯定提单上目的国和报关单要保持一致的。
实际操作中，毕竟是两个机构，所以一致度不是那么高，只要你取得了海关出境报关单放行后，港口企业就可以给你装船，至于最终运输到那里，海关不会后期跟踪的，所以漏洞就出来。只要 保证你向船公司订舱目的港是你真实要到的、是对的就没有问题。
需要注意的是，后期外汇核销是不受目的国限制的，退税及财务做账都按照报关单的目的国（可能是错的）去做，保持一致，防止后期再出现不必要的问题。
此方法只用于出错后变通处理方式的而不能用于普通业务。
追问那如果发生查验怎么办
追答此方法只用于出错后变通处理方式的而不能用于普通业务。
听你所说提单上目的港和报关单不一致,应该是已经报关放行了，并已签发提单了才会有提单的.
如果是你报关时报错目的国,还没有放行的情况下被海关抽查了,只要你货物MARK上没有标明实际港口,也就没有单货不一致的情况了.例如你报关的是日本东京,实际货是到韩国仁川的,如果你MARK上没有标明是韩国仁川,即使查验也不要紧的。
再者,海关查验很少要核对最终目的国的,除非是原来到欧洲纺织品配额时代,才有必要核对国家,再者纺织品配额是国外限制进口为目的的,中国海关没有主观控制出口的意图,至于这个原因,所以对目的国查的非常不严格.