很简单啊！当年袁世凯与清朝皇室签订的《关于大清皇帝辞位之后优待条件》中，第四条就规定“大清皇帝辞位之后，其宗庙、陵寝，永远奉祀，由中华民国酌设卫兵，妥慎保护”，就是说溥仪退位后，清朝的宗庙、陵寝皆有中华民国派兵负责保护。如此，中华民国派出的兵自然就是由中华民国负责支付薪水啦。
当然，因当时形势的特殊性，清朝的皇陵除了有中华民国派出的护陵士兵，还有清朝遗留下来的守陵人员。
在当时因袁世凯还答应清朝皇室“大清皇帝辞位之后，尊号仍存不废，中华民国以待各外国君主之礼相待”、“以前宫内所用各项执事人员，可照常留用，惟以后不得再招阉人”、“大清皇帝辞位之后，暂居宫禁，日后移居颐和园。侍卫人等，照常留用”等这三个条件，也就是说清朝虽灭亡，但是在紫禁城中依然有着一个“逊清小朝廷”，这个小朝廷保留了前清所留下的宫内机构，其中就包括“东陵承办事务衙门”、“西陵承办事务衙门”。
“东陵承办事务衙门”是专门管理清东陵事务的机构，而“西陵承办事务衙门”则是专门管理清西陵事务的机构。当时这两个衙门的最高长官就是守护大臣，由他们掌管东陵、西陵陵园的所有事务，其下设管理、保卫两个机构，共有五个部门。
- 皇陵内务府。它的职责就是保管、取送皇陵的金银器皿；制作祭品，用于祭祀；打扫陵园内外；祭祀大典时，请送神牌，摆放桌张，陈列祭品等。皇陵内务府的最高长官是郎中，下设员外郎、主事、尚膳正、尚茶正、内管领、笔帖式、拜唐阿、领催、扫院人、树户等职务，人员约12人。封祀礼部。它的职责就是生产、供应制作祭品的各种原材料；主持祭祀典礼，焚化祝文，宰杀牛羊等。封祀礼部的最高长官是郎中，下设员外郎、主事、赞礼郎、读祝官、牛吏、挤奶人、打果人、割草人、扫院人等职，以及制作祭品的各种工匠，每陵约140人。封祀工部。它的职责就是对皇陵的日常维护；制作皇陵所用的金银器皿和祭器；制作清明节的各种祭品及陵寝内所需的各种用品。封祀工部的最高长官是郎中，下设员外郎、主事、笔帖式等职，以及用于维护、制造祭器等各种工匠，人数不详。护陵八旗。八旗兵负责各皇陵的安全守卫工作，直接进驻各皇陵，昼夜巡逻。闲暇时，配合内务府、封祀礼部管理皇陵的金银器皿库。守卫皇陵的八旗最高长官为总管，下设翼长、骁骑尉、领催、披甲人、养育兵等职，每陵约180人。护陵绿营。绿营兵不直接进驻各陵，主要负责皇陵周边地区的安全，及防火、防盗；保护皇陵祭拜人员的安全；维护皇陵施工时的安全和秩序。守卫皇陵的绿营最高长官为马兰镇总兵，下设中军游击、守备、千总、把总等职，人数不详。
当时这两个衙门都被保留了下来，衙门的人员也随之都被保留下来，然后继续守护着清朝的各个皇陵，对于这些人则是由逊清小朝廷的内务府来支付薪水。
但是随着世事变迁，东陵、西陵逐渐脱离了清朝皇室的掌控，落入到了北洋军阀的手中，守护大臣名存实亡，常不在官署，五个机构更是形同虚设，八旗、绿营这两个曾经守护皇陵的军队也没有了继续守护的能力。同时即使是依然在皇陵待着的守陵人员，他们不仅不能有效保护陵墓，反而是串通他人，倒卖皇陵财物。如此，在北洋军阀没有精力照看皇陵，而继续守卫皇陵的人员又是中饱私囊的情况下，盗墓者对东陵的破坏与日俱增，最终清朝皇陵引来了一个东陵大盗，这就是孙殿英。
1928年6月，孙殿英借口捉拿土匪马福田，调动一个团的兵力，以军事演习为名将清东陵三十里内全部封锁。7月上旬，孙殿英以军事演习施放地雷为名，将清东陵剩下的守陵人员全部驱逐，然后封锁关隘，实行戒严，同时又雇骡马车30多辆，准备用来运输皇陵财宝。
不久，在一切准备妥当，孙殿英用炸药炸开了慈禧的定东陵和乾隆的裕陵，从中获得了数量庞大的金银财宝，得珍珠、翡翠、象牙、雕刻、字画、书签、宝剑等稀世之宝无数。
此后，新中国成立，国家为了保护清东陵、清西陵的文物，遂成立了清东陵、西陵文物管理所，由他们来负责保护东陵、西陵的安全。至于保护皇陵安全的人员的工资自然就是有政府发放。